自从盖塔射线被发现并作为一种重要的能源被广泛使用以来，人类已经经历了大半个世纪，但是，神秘的外星生物Inventor（来访者）自月面开始侵袭地球，人类濒临危机。于是，人们自发制造了大量的SuperRobot去应战，终于击退了这些怪物。随着早乙女博士的死亡，世界盖塔射线的研究权威机构——早乙女研究所渐渐被废弃，当年杀害博士的元凶，就是原盖塔队队长——流龙马，如今已经被判处无期徒刑，处于监禁中，曾作为战争中拥有最强大力量的盖塔队也就此解散。一日，原盖塔队成员——巴武藏和车弁庆在运送军方重要物资的时候，于山路上再度遇见了消失多时的Inventor，并受到了截击，巴武藏驾驶盖塔三号机应战，酣战多时，中途却被一巨大的机器人攻击，它全身深红，背后生有恶魔的翅膀，它是弑神者——真盖塔。并不知情的武藏被打成重伤，而真盖塔也同时收拾掉了Inventor，强大的力量令人咋舌，而操纵者，竟然是原本应该在３年前死去的早乙女博士。到底是怎么回事呢？Inventor侵攻地球的谜团，盖塔射线的秘密，即将要揭晓了。！

在未来世纪（FutureCentury，F.C.）由于地球严重被污染，人类移往宇宙殖民星，建立了新中国、新日本、新美国等殖民星国。各国在地球虽然还存有领土，但已受到严重的忽视。为了避免战争，各国决定以一场高达擂台赛(GundamFight，高达武斗)来决定各殖民星国对地球的统治权。比赛每四年一度，以地球为擂台，每个国家（殖民星）派出一位代表参赛，一对一以高达对战，直至只有一名胜利者。胜利者所属国家可擭得各殖民星国及地球管理权四年，直至另一个国家在下一次高达对决获胜。而活在地球上的居民，便要忍受在各国代表在对战时所造成的破坏。故事发生在未来世纪六十年开始，当时正开始第十三届高达擂台赛。故事的主角，来自新日本的codeerror!，为了追寻盗去以DG细胞三大理论，自我增殖、自我再生、自我进化设计出来的codeerror!(DevilGundam)的兄长，决定参加这一次的高达对决，故事就此展开。