混黑道的不良青年純平（野村周平），接到組長命令，要去暗殺對立組幹部，此時，他偶然遇到OL女主角加奈（柳ゆり菜），電影講述兩人一起行動，3天內發生的青春故事。

RIDERKABUTO是幪面超人诞生35周年纪念作品，采用昔日昆虫(巨型甲虫角日语KABUTOMUSHI)的设计，配合如幪面超人555般充满金属机械感，当中新颖的战斗场面采用了有如Matrix的拍摄手法，大量CG增加了速度感及观感，KABUTO的技能及必杀，更显其更潇酒有型。故事讲述涉谷被掉下的宇宙硕石毁灭，七年后出现的宇宙生物WORM四处杀害人类，纵使日本特别组织ZECT出动也徒然，成员加贺美新知道只有开发的腰带能与宇宙生物匹敌，但给拥有静头脑且身手敏捷的天道总司，取得甲虫形态KABUTOZECTOR的控制权变身幪面超人KABUTO把WORM打败。随着七年前与岩石掉下毁灭涉谷的宇宙生物WORM，基本形态为绿色的「蛹」，统一的外貌有一双手掩盖面孔，遇见过的人类便能模拟对方面貌、行为及声音，在人类社会杀害及侵略活动，纵使ZECT军事武器也未能使WORM损伤。从「蛹」进化脱皮为成虫，而外貌变化各有不同，活动及破坏能力也大大提升，并可进行超越人类感知能力的加速运动性，此现象被称为「CLOCKUP」。

1999年，墜落地球的巨大隕石奪去了整個海洋。與此同時，地球外生物WORM亦開始在世界各地繁殖。為了對抗在一瞬間支配了廣泛地區的WORM，人類成立了對WORM組織ZECT。ZECT開發出幪面超人系統，投入戰場與WORM展開激戰，時間就在這場戰爭中渡過了七年。2006年，在這個沙漠化的地球上，部分ZECT的成員因為不滿組織的束縛而結成獨立團體NEOZECT，而ZECT亦開始對這群背叛者進行肅清。就在這時，天道總司，即是假面騎士KABUTO的出現，令戰局產生極大變化。ZECT總部得到一顆巨型冰塊彗星正在接近地球，於是提出「天空之梯子計劃」，於大氣層的太空站設置巨型CLOCKUP機器，製造轉移空間把彗星拉往地球，製造出莫大的水源。透過這個計劃，ZECT的權力就會越趨龐大，足以支配地球。ZECT利用連接地球和宇宙的軌道電梯發動「天空之梯子計劃」，而從天道手上得知這項情報的NEOZECT，亦決定搶奪這個計劃，壓抑ZECT繼續增大權力。為了組織而戰的ZECT戰士大和鐵騎與矢車想；為了自由而戰的NEOZECT戰士織田秀成和風間大介；為了最愛的日和而戰的加賀美新，還有目的完全不明的天道總司；以及身份神秘的黃金假面騎士。在各人思想交錯的漩渦中，假面騎士的戰鬥已延伸到浩瀚宇宙…