柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“JollyRoger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题

柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“JollyRoger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题

这是有关各式各样的人们取回什么的温馨故事，同时也是有关斗争的故事。主人公桐山零，幼时因为意外事故失去了家人，是一个背负着沉重的孤独的17岁将棋棋士。独自居住在东京旧市镇桐山零遇见了明里、日向、桃三姐妹，少年桐山零因此发生了改变……

在未来世纪（FutureCentury，F.C.）由于地球严重被污染，人类移往宇宙殖民星，建立了新中国、新日本、新美国等殖民星国。各国在地球虽然还存有领土，但已受到严重的忽视。为了避免战争，各国决定以一场高达擂台赛(GundamFight，高达武斗)来决定各殖民星国对地球的统治权。比赛每四年一度，以地球为擂台，每个国家（殖民星）派出一位代表参赛，一对一以高达对战，直至只有一名胜利者。胜利者所属国家可擭得各殖民星国及地球管理权四年，直至另一个国家在下一次高达对决获胜。而活在地球上的居民，便要忍受在各国代表在对战时所造成的破坏。故事发生在未来世纪六十年开始，当时正开始第十三届高达擂台赛。故事的主角，来自新日本的codeerror!，为了追寻盗去以DG细胞三大理论，自我增殖、自我再生、自我进化设计出来的codeerror!(DevilGundam)的兄长，决定参加这一次的高达对决，故事就此展开。

安昙小太郎（千叶翔也配音）出生在一个传统的日本家庭之中，个性细腻而又温厚的他自幼喜欢读书，暗中希望能够成为一名作家，总而言之是班级中并不起眼的存在。水野茜（小原好美配音）是田径部的种子选手，个性开朗活泼全身上下散发着积极的光芒。这样性格迥异的两人，其生命轨迹被命运推动着联系到了一起。成熟稳重，可靠正直的比良拓海（田丸笃志配音）、温柔坦诚，深受朋友们喜爱的西尾千夏（村川梨衣配音）、严格谨慎，对男生敬而远之的泷泽葵（白石晴香配音）、古灵精怪，令人捉摸不透的山科浪漫（笔村荣心配音），在洋溢着青春气息的校园之中，属于他们的乐章正在谱写。