在公元200X年，由于网络科技日新月异，人类已经进入一个全新网络时代。每个人都会随身携带类似小型个人计算机的PET，其中安装称之为“网络领航员”的人工智能计算机。PET及网络领航员的发明为人类生活带来许多好处，但是网络黑客、病毒传播及高科技犯罪也成为日益严重的问题。光热斗是个国小5年级的小学生，住在秋原镇。在他升上5年级的时候，父亲设计了一个个人网络领航员─洛克人作为礼物，于是他与学校的好朋友们组成网络领航员团队，专门解决网络上发生的问题，结果发现，这些神秘犯罪的始作俑者就是邪恶组织ＷＷＷ。为了阻止ＷＷＷ组织网络领航员的破坏计划及散播病毒，洛克人不断地与之战斗。在神秘人与伊集院炎山的帮助下，光热斗与洛克人勇敢地打击犯罪。洛克人、热斗和伙伴们的友谊及团队力量是否能战胜ＷＷＷ组织邪恶的野心？

故事发生在位于关东南部的川神市，春天来临，万物复苏，平凡的少年直江大和（神谷浩史配音）来到了川神学园，准备在这里开始全新的校园生活。刚刚开学，校园里是一副欣欣向荣的热闹景象，在这里，大和会遇见怎样有趣的伙伴，又会发生怎样有趣的故事呢？活泼开朗，古灵精怪的川神百代（浅川悠配音）、四肢发达，头脑简单的川神一子（友永朱音配音）、温文尔雅，温柔大方的黛由纪江（后藤邑子配音）、外冷内热，坚强韧性的椎名京（冰青配音），心高气傲，绝不认输的克丽丝蒂安妮·弗里德里希（伊藤静配音），围绕在大和身边的，正是这些性格迥异但同样善良正直的美少女们。

故事发生在一个虚构的世界“庭园”之中，神秘的力量令一部分的人类获得了特异功能，“圣战天使”是传说中早已经失落的种族，他们能够变身成为超强的武器，通过和人类的合作进行战斗，如今，这一种族竟然渐渐开始了复苏。库（石田彰配音）是一位平凡而又善良的少年，某日，他邂逅了名叫蕾（高桥美佳子配音）的神秘女孩，原来，蕾正是“圣战天使”中的一员，她请求库带她重回圣地“艾迪鲁庭园”，就这样，难辞其咎的库和蕾踏上了旅途。个性开朗活泼可爱的西斯卡（水树奈奈配音）、温文尔雅的龙威（上田祐司配音）、成熟温柔的奇雅（铃木菜穗子配音），三人来自于专门保护圣战天使的完全保护会，他们亦加入了库和蕾的队伍中去。

高町奈叶（田村由香里配音）是一位平凡的高中三年级学生，某日，在上学的路上，她同来自异世界米德其路达的尤诺（水桥香织配音）相遇了。尤诺告诉奈叶，她正在寻找遗落人间的太古遗产“圣石之种”，这种珍贵的宝物蕴藏着巨大的能量，如果弃之不顾有可能在人间界造成巨大的破坏，接二连三的波折之后，奈叶成为了帮助尤诺回收种子的魔法少女，开始了一段充满了危险和刺激的奇幻旅程。某日，一位名叫菲特（水树奈奈配音）的金发少女出现在了奈叶的面前，她和奈叶一样同为回收种子的魔法少女，也就是说，她们的关系是竞争者。奈叶能够打败这样一位强劲的对手吗？对于菲特来说，温柔而又努力的奈叶又是一种怎样的存在呢？

在“香兰堂”古董店打工的美术院学生仓桥永莉，被古老雕花玻璃杯中映出的金发碧眼的可爱少女吸引，秘密地享受着与这非人幻象邂逅的愉悦。香兰堂位于善导寺商店街地中心，那里出入的都是年轻美丽的女性，然而仓桥却没有任何兴趣，只是迷恋着玻璃杯中的少女。第七天的夜里，在雕花玻璃杯里，永莉看见了自己将少女杀害的幻象。然后，从玻璃杯中溢出鲜血，少女的幻象实体化，迫使永莉定下契约。这个名叫“柯婕特”的少女，要求永莉救出自己在“被诅咒器皿”中徘徊的灵魂。“喝下去，如果不想分离……如果不想失去我”，永莉被柯婕特强迫，喝下玻璃杯中鲜血定下“血之契约”。过了一夜，醒来的永莉已经不能再看到玻璃杯中的柯婕特的身影，于是把这一切当作是梦，重新振作，将玻璃杯卖给了暴发户的富豪。然而，去富豪家中交货时，在那里永莉看见了实体化的柯婕特。回到家中，永莉抑止不住想见柯婕特的心情，再次来到富豪的家中，然而在那里的是已变成尸体的富豪及其情人......目击柯婕特临死状态的“被诅咒器皿”中的玻璃杯，吸取了富豪他们的鲜血，杀死了他们。之后，这个玻璃杯的怨念附在永莉身上，想要夺其性命......

男主角海神航，是一个麻木不仁、只为学业奋斗的少年。故事一开始在烦嚣的东京，正是考试放榜的日子，航和他的同窗兼朋友灿绪去看成绩，一心想着胜利是理所当然的他，却发现榜上没有他的编号！原来是因为选错多项选择的答案了。于是学校考不上，而一直照顾航的管家，亦要离他而去！正当事情达到这样糟糕的时候，突然两神秘人出现，说恭喜航受推荐入读一间神秘学校，而该学校竟在一个神秘的岛上－－Promised Island...... 航本来万分不愿意，但因毫无选择，只好出发，到了岛上，发现处处透着古怪，除了不断看到貌似管家的老人，扮成不同角色在航的身边出现外，最骇人听闻的是，十二位美丽可爱的女孩，先后出现，还自认是航的妹妹！就是这样，航就在这岛上，和十二个不同性格的妹妹住在一起，揭开他人生中最华丽的一页......同时，另一位叫真深的女孩，冒认是航的第十三位妹妹，混入Welcome House中和航给妹妹们一起居住，借以监察航的一举一动，她更时常和一神秘人作电邮通信，他们的目的是让小航回到毫无希望的东京。

妹妹公主RePure是一些小情节故事的合集，每一话由两个部分组成，第一部分是一个独立的小故事，第二部分是以12个姐妹中的一个的为主题的短故事。