六年级的小学生进藤光（川上友子配音）无意中翻出了爷爷家的旧棋盘。触碰棋盘的一瞬间也释放出了寄居在其上的平安时代棋士藤原佐为（千叶进步配音）的灵魂。附身于小光体内的佐为视棋如命，小光在其软磨硬泡下开始下围棋，接触了一批厉害的棋士，其中不乏他的同龄人。小光开始对围棋产生兴趣并展现了他的天分，而佐为则成为了小光的秘密老师……《棋魂》改变自堀田由美的同名作品，漫画由小畑健执笔，并由日本棋院的女棋士梅泽由香里担当监修。当年上映引起轰动后，引发了一股学习围棋的热潮，借由佐为的附身改变了主人公进藤光，讲述了其棋艺和心灵的成长，也在其中普及了围棋知识，意义深远。

戎崎裕一（铃村健一配音）是一位平凡的十七岁少年，在十七年的漫长人生中，并没有发生什么特别值得记录的事情，然而，就在这一年，裕一却因为感染了甲型肝炎而住进了医院。在医院中，裕一结识了外刚内柔的护士谷崎亚希子（小平有希配音）和医术高明认真负责的一生夏目吾郎（平田广明配音），除此之外，裕一还遇见了那个改变了他一生的少女。少女名叫秋庭里香（高桥美佳子配音），患有先天性心脏瓣膜不全症她是医院里的“常驻人口”。对于外面的陌生世界，里香充满了好奇，而裕一的到来无疑为她打开了一扇通往新世界的大门。尽管里香任性又傲娇，但裕一还是渐渐地喜欢上了这个天真单纯的少女，然而，在灰暗的过去和迷惘的未来之中，裕一能够坚持自己的选择呢？

佐为已离开，但光的围棋生涯还在继续。接续动画版的剧情，这部是之后推出的OVA，讲述了这群年轻棋手们的北斗杯之旅。经过一番努力和征战，进藤光（川上伦子 配音）终于成为了一名职业棋手，这是对自己能力的认可也是全新的开始。成为职业棋手后的光从棋院那得知了北斗杯的消息，这是为18岁以下的年轻人举办的围棋赛，会有来自中国、韩国等围棋强国的青少年参与。兴致勃勃的光把这个消息告诉了塔矢亮（小林沙苗 配音），亮听到后一脸淡然的说自己已经是北斗杯确定的参与选手了。而光还得参与预选赛，才有资格和亮一起站在北斗杯的现场，通往北斗杯之路就此拉开。