胡八一、王胖子和大金牙被村民编造的绣花鞋的故事所骗，前往陕西古蓝县。水路艰险，胡八一挺身让众人脱险。在招待所幸遇陈瞎子提醒，得以逃脱村民圈套。三人无意掉入“龙岭迷窟”遭蝙蝠袭击，发现身上长出红斑，决定在王大爷家修整，遇到同样来找红斑根源的shirley杨，并听闻了鹧鸪哨和了尘大师寻找雮尘珠的英勇故事。几人决心寻找雮尘珠，陈瞎子告诉他们“内藏眢”就在此地。村民故技重施，威胁胡八一等人寻找钱财，两拨人马前往洞穴，遭到蜘蛛袭击，被困暗阁，但大家齐心协力，化险为夷，最终进入了“棋盘”机关，众人协作，找到了龙骨天书，逃出洞穴，准备前往云南继续解密“红斑”。

胡八一、王胖子和大金牙被村民编造的绣花鞋的故事所骗，前往陕西古蓝县。水路艰险，胡八一挺身让众人脱险。在招待所幸遇陈瞎子提醒，得以逃脱村民圈套。三人无意掉入“龙岭迷窟”遭蝙蝠袭击，发现身上长出红斑，决定在王大爷家修整，遇到同样来找红斑根源的shirley杨，并听闻了鹧鸪哨和了尘大师寻找雮尘珠的英勇故事。几人决心寻找雮尘珠，陈瞎子告诉他们“内藏眢”就在此地。村民故技重施，威胁胡八一等人寻找钱财，两拨人马前往洞穴，遭到蜘蛛袭击，被困暗阁，但大家齐心协力，化险为夷，最终进入了“棋盘”机关，众人协作，找到了龙骨天书，逃出洞穴，准备前往云南继续解密“红斑”。

明朝成化年间，朝纲腐败，奸邪当道。西厂东厂为宦官把持，混淆黑白，陷害忠良，朝野内外噤若寒蝉。时有赵怀安（李连杰饰）等流亡剑客挺身而出，接连铲除东厂数名奸佞，致令阉贼胆战心惊。适值此时，风头正劲的西厂督主雨化田（陈坤饰）出面干预。另一方面，宫女素慧容（范晓萱饰）怀有身孕，绝命奔逃。被雨化田的爪牙追捕途中幸得神秘侠客凌雁秋（周迅饰）相救。二人一路辗转逃往关外，来到曾经引起过腥风血雨的龙门客栈落脚。龙门客栈一如往昔，为凶险异常之所在。雨化田手下追赶至此，与先前而至的鞑靼商队剑拔弩张，关键时刻更有与雨化田长相极其相似的卜仓舟（陈坤饰）与女侠客顾少棠（李宇春饰）投宿客栈。不久，赵怀安一众也偷偷潜至龙门。各方势力云集于此，新的正邪之战即将展开，更有天大的秘密即将揭开……

故事发生在1948年，特别调查局要员俞北平（陈建斌饰）被上级调往青城，奉命调查发生在那里的命案，可实际上，俞北平的真实身份正遭到上级的调查和怀疑，他时时刻刻都处于危险之中。在青城，俞北平遇见了名为林莎（齐溪饰）的女子，身为美军中尉的她，其真实身份其实是俞北平失散多年的女儿。俞北平还有一个小女儿名为徐丹妮（朱颜曼滋饰），此时正在青城上大学的她被卷入了和已婚大学教授的不伦之恋之中无法自拔，与此同时，她和父亲之间的关系亦因为俞北平特殊的身份而陷入了僵局之中。俞北平一边要顺利完成上级交代的任务，一边要和狡猾阴险的敌人周旋，一边还要承受来自至亲的不解和误会，他陷入了苦战之中。