这是一个外星人和地球人混居的时代，在外星移民的压迫和统治下，流传百年的武士道精神已然没落，然而，在一片倾颓之势面前，依然有一群人默默的遵守着他们的准则和正义。家道中落的青年志村新八（菅田将晖饰）在一场意外中结识了万事屋老板坂田银时（小栗旬饰）和天人少女神乐（桥本环奈饰），三人成为好友。他们共同的朋友桂小太郎（冈田将生饰）无故失踪，经过调查，一个名叫冈田似藏（新井浩文饰）的男人和一把名为“红缨”的妖刀浮出水面。冈田似藏是曾经的攘夷志士高杉晋助（堂本刚饰）的手下，高杉恨透了这个堕落的世界，一直都企图将它破坏殆尽。随着红缨的力量越来越强大，整个大江户被笼罩在越来越浓重的阴云之下。

位于歌舞伎町一隅的万事屋，坂田银时（小栗旬饰）、志村新八（菅田将晖饰）和神乐（桥本环奈饰）因为没钱交房租而焦头烂额，于是三人只得外出打工。他们先是去夜总会担任女招待，之后又临时充当理发师，可好死不死都碰上了微服出访的将军大人德川茂茂（胜地凉饰），令他们战战兢兢，如履薄冰。另一方面，真选组土方十四郎（柳乐优弥饰）遭伊东鸭太郎（三浦春马饰）暗算，从刚硬坚毅的武士变成了柔弱怯懦的御宅族，最终被真选组扫地出门。在此之后，伊东联合鬼兵队，策划足以颠覆江户政府的大阴谋……本片根据空知英秋的超人气漫画改编改编，是同系列真人电影的第二部，此次的故事根据“将军接待篇”和“真选组动乱篇”改编。

可怜的小女孩莎莉从出生那天起便被诊断患有先心，她凭借顽强的生命力度过了命运第一道难关，但此后的道路依然多舛。她的妈妈望月沙良（中山美穗饰）揪心女儿的健康，为此不惜抛弃作为妻子的幸福，最终与丈夫佐伯武彦（吉田荣作饰）离婚。女儿一天天长大，已经到了可以进行心脏移植的年龄。焦急的沙良走投无路，在浏览自杀网站时留言“如果你们要死，请把心脏给我的女儿”。虽然举止孟浪，但却真的有一个青年（堂本刚饰）做出了回复。青年被诊断患有绝症，命不久矣的他似乎希望至少在最后能够帮助他人。碍于器官买卖方面的法律规定，青年无法指定将心脏移植给莎莉。而这时他却提出和沙良结为夫妻，以父亲的身份完成生命的传递……

1999年除夕夜，堀上笃志（堂本刚饰）却心情灰暗，求职失败，在家里又和父亲起了严重的冲突，他跑到电影院看一部叫（失物森林）的老电影。突然间，胸口一阵激痛，笃志因突发心脏病而倒地而死。死去的笃志竟穿越回高中时代，在确认周遭的一切后，他意识到自己的时代来临，利用已知的未来的知识，笃志靠赌马赚取大把金钱，拯救了自杀的朋友，考取了一流的名校，一转成为举世瞩目的天才青年。又到1999年除夕，笃志的心脏病在同一时刻再次发作，当他醒来的时候，再次回到1995年，开始了重复的人生。