与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！

2029年3月某日，某国大使馆遭到一群经大规模义体改造的武装分子的入侵，众多外国使节及其同侪眷属沦为人质，事态十万火急。草薙素子（坂本真绫配音）召集巴特（松田健一郎配音）、陀古萨（新垣樽助配音）等得力属下，并制定了周密的营救计划。谁知当一切都按部就班进行之时，意外突然发生。与此同时，距离大使馆不远的一座摩天大楼内，日本首相遭到密码箱炸弹的暗杀，素子之前的上司陆军501机关的机关长库露兹（浅野麻由美饰）也在爆炸中丧生。经过缜密追查，素子等人发现一种能够篡改记忆的病毒正在网络蔓延，而她的身世居然和一连串的事件有着密切联系。危机当前，阴谋悄然复出水面……本片根据士郎正宗的同名原作改编，系《攻壳机动队》诞生25周年纪念作品。

这是一段攻壳机动队成立前夕鲜为人知而又影响深远的故事。2027年6月6日的一天，隶属陆军机密部队501机关的真室中佐（宫内敦士配音）在闹市街头被人杀害，此前他曾陷入军火买卖的贿赂丑闻不得脱身，他对死亡背后自然隐藏着无数谜团。阴雨之夜，试图取回真室电子脑的公安9课课长荒卷大辅（塾一久配音）与生化人草薙素子（坂本真绫配音）在真室中佐的墓地首次相遇。此时草薙还只是501机关负责网络犯罪追查的军人，此行她希望找到倍为尊重的中佐蒙冤以及遇害背后的真相。谁知，棺木中的中佐早已不见了踪影。在此之后，她受到荒卷委托展开调查，并在一连串凶险追查的过程中与前特种部队成员巴特（松田健一郎配音）和时为新滨县刑警的陀古萨（新垣樽助配音）邂逅。扑朔迷离的案情，草薙一行被引向未知的彼方……本片根据士郎正宗的原作改编。

精灵宝可梦，简称宝可梦， 这颗星球上非常非常不可思议的生物， 在天空、大海、森林、街道之中到处都能看到它们的身影。 持有不可思议吊坠的来自帕底亚的少女——莉可。 持有神秘精灵球的来自关都的少年——罗伊。 以广阔的宝可梦世界为舞台， 莉可和罗伊的新冒险开始了！ 等待两人的相遇，还有命运是—！？ 这是一个通过冒险“找到”重要的东西的故事。