第二季接续第一季的剧情，讲述了因诞下怪胎太子被幽拘的钟无艳与齐王的感情从冷漠到冰释前嫌再到重拾恩爱的关系转变；又从个人情感升华到家国大义，展现了内部朝堂波云诡谲外围战局跌宕起伏的紧张局势。不论是飞醋争宠的后宫还是泼天阴谋的前朝抑或是敌国来势汹汹的兵临城下，且看传奇娘娘钟无艳如何霸气化解！

地球航天基地捕捉到一组神秘的信号，科学家认为信号来自宇宙其他的文明。为探寻外星文明，舰长“原”驾驶着星际飞船——深空号，带领全船93名船员和智能机器人“柒”驶向宇宙，踏上星辰征途。但不久后，飞船神秘失踪。150年后，深空号飞船突然出现在地球轨道附近，船上只剩下一名幸存的休眠者，她是舰长原的恋人“尹”。人类航天部门成立临时委员会，对尹进行调查和询问，“深空号”的惊悚经历徐徐展开。