立山国际高中的白羽由希奈，在三人面谈后追赶暴风雨般离开的母亲·洋海为了送还遗忘的智能手机，朋友荻布美夏也一起到母亲的工作场所黑部研究所去。在大厅里顺利的把智能手机交给了母亲，相识的研究人员、荒俣稔等人说着的话的时候突然火球飞来了，产生的冲击波将研究所的窗户玻璃震碎了。在警报鸣响的研究所地基内，身份不明的侵略者同警备员们展开战斗，打算到地下避难的由希奈的目光停留在了实验室里方块发出的奇怪的光上。立山黑部峡谷在修筑大坝时发现神秘的遗迹。为研究“Artifact”设立了国际联合黑部研究所。世界各国的首脑聚集在研究所员的孩子就读的立山国际高中。研究所长的女儿、白羽由希奈也在这里上学。那是2016年的夏天、一名武士再一次苏醒。by:www.qimiyingshi.net

少女成濑顺（水濑祈配音）有着一段不堪回首的童年往事，曾经，年少无知的她因为口无遮拦，导致了家族的悲剧，而她本人亦被封印了言语，无法再开口说话。这样的顺终日生活在悲伤之中，和所有人都保持着距离，紧紧的关闭上了心门。某一天，浑浑噩噩迷迷糊糊的少年坂上拓実（内山昂辉配音）、因为受伤而无法完成棒球梦想的田崎大树（细谷佳正配音）、深陷令人苦恼的恋爱之中的拉拉队员仁藤菜月（雨宫天配音）以及顺，这四人被老师任命组成了“地域沟通交流会”，他们要在交流会上表演一出音乐剧，可是班级里的大部分学生对此兴趣寥寥。在一片争执声中，顺突然出声，担下了演唱的任务。

这是一个魔法少女的存在获得了认可的世界。一款名为《魔法少女育成计划》的游戏能够万里挑一制造出真正的魔法少女，而等待着这些幸运女孩们的，将会是万人的仰慕和光明的前途。然而，某一日，运营方忽然宣布要将魔法少女的数量削减一半，而方法，竟然是让现存的魔法少女进行残酷的竞赛。天真善良的少女白雪（东山奈央配音）、外冷内热的忍者波纹（沼仓爱美配音）、背负着巨剑的圣少女（佐仓绫音配音）、骑着扫帚大大咧咧的最高速（内山夕实配音）、百发百中的神枪手灾厄玛丽（井上喜久子配音），在这些被吉祥物法布（间宫胡桃配音）选中的魔法少女们之间，一场大战即将拉开序幕。