2012年日蚀的一天进行名为“魔宴（Shabbat）”仪式，从而诞生出魔物“魅影（Phantom）”肆虐。本作主角操真晴人在此仪式中生还，如谜一般的白色魔法使把变身系统WizardDriver交付给他并变身成为假面骑士Wizard。从此踏入守护人类及与魔物战斗的命运。

很久以前，在宇宙中被粉碎的恶魔碎片，如今仍然祸乱着整个宇宙。一名不知其真面目的恶徒正借着这些恶魔碎片危害四方，并将其魔爪伸向了光之国。赛罗奥特曼和他的徒弟泽塔奥特曼勇敢地站了出来，正面迎击敌人。经过一番激战，泽塔奥特曼独自一人追着怪兽前往地球。在地球上，人们为了对抗日常出现的怪兽组成了防卫军——怪兽应对机甲部队“军械库（storage）”。在这支部队中有一位热血青年——夏川春树。宇宙怪兽到达地球的那一刻，泽塔奥特曼和春树相遇了。自此两位热血青年的战斗故事开始了。

在过去被称为"恶魔"被放逐到地底下的"伏魔三剑侠"，经过数千年，终於觉醒复活了！!三剑侠利用人类精神世界(UNDERWORD)的魔力，把过去被骑士们打倒的怪人们一个一个复活过来！!现在正是恶魔三人组开始地征服上计划的复仇时候！!为了阻止这一切WIZARD和FOURZE、流星、抚子、会合，再加上OOO、BIRTH、W、ACCEL也都现身了！!6人骑士VS怪人大军团，这空前绝大的战斗即将引爆！

霓虹闪烁的大都市，彩虹旋风突然降临。操真晴人（白石隼也饰）与操纵这一切的金色魔法师（阵内孝则饰）对决，却最终陷入昏迷。当他和阿历（奥仲麻琴饰）苏醒后发现，整个世界都变成了魔法国度，人们通过变身腰带和魔法戒指随心所欲使用魔法，并且习以为常，乐在其中。虽然也有Phantom作乱，但是每一个市民都可以变成假面骑士打败进犯者。二人因身份可疑，遭到大门凛子（高山侑子饰）逮捕，继而被送到魔法王国统治者玛雅大王（忍成修吾饰）的宫殿。困扰的二人与新结识的朋友们，必须迎来一连串的挑战。在这个甚为怪异的平行世界，他们该如何打败金色魔法师，回到原来的世界呢？