《黑客帝国动画版》由9段以《黑客帝国》系列电影世界观为基础生发出的短片组成，各篇的角度与风格各异，制作班底汇聚了日本、美国、韩国三地的动画精英。《机器复兴》讲述了MATRIX的历史。机器人不堪人类恶劣对待，终于反抗并将人类化为能源。《少年故事》讲述一名少年突然收到来自网络的召唤，而大批黑衣人开始对他展开围捕。《虚拟程序》展示了一对男女在虚拟训练程序中的片断。《世界纪录》描写一位短跑运动员在接近突破人类极限时终被系统牢牢控制。《超越极限》叙述因为系统错误，平静的街区中出现了一片超常区域。《侦探故事》描写一位侦探被步步引领着试图摆脱系统的桎梏。《矩阵化》讲述一只机器人被人类捕获并驯化的故事。《终极战役》记录了一艘飞船毁灭的经过。

遥远的未来，飞行交通工具已经取代了汽车，但是赛车这项运动仍然在各个星球广受欢迎。著名的“红线”赛事是赛车界级别最高的比赛，也是众多车手的终极梦想。在竞争红线赛的资格赛——“黄线”比赛中，赛车手JP（木村拓哉配音）幸运的与“少男猎手”索诺西（苍井优配音）一同晋级红线。本届红线赛在枪弹横飞的“机器世界”举办，令本就暴虐刺激的赛车更具吸引力。然而主办星球的统治者因担心自己星球的秘密暴露，决定在比赛中全力阻击一众车手；另一方面，JP在幼年时曾与索诺西相识，然而后者似乎忘记了这一切。红线赛如期在枪林弹雨中拉开了帷幕……

史上最SEXY最强的女神。其名峰不二子。峰不二子从不动摇。她遵从自己的欲望活着。她以美貌与身材为武器，诱惑男人并利用。而且并不讨厌偶尔的战斗。峰不二子很强。所以她美丽。爱之，惑之，刺之，夺之你会充分体验到峰不二子的魅力吧。

日本。伊豆沖を進む賭博船で、襲撃された鉄竜会の組長を救ったのは、若き用心棒・石川五ェ門だった。だが直後に大爆発が起こり船が大破。組長も命を落とす。爆発の原因は斧を武器に使う大男だった。一旦は男を追いつめた五ェ門だったが逃げられてしまう。一方、賭博船から金を奪うことに成功したルパン三世と次元大介、峰不二子は、洋上のボートからその様子を目撃する。“バミューダの亡霊”―大男はそう呼ばれていた。かつて戦場で2,000人を殺戮した兵士でコードネームはホーク。なぜそんな男が日本にいるのか?公安の銭形警部はホークの足取りを追う。そして、組長の葬儀の場で、裏切り者の汚名を掛けられた五ェ門も、その屈辱を晴らすためホークを追うのだった。その頃、ルパンたちは、伊豆山中のアジトで、札束を前に祝杯を挙げていた。そこに突如ホークが現れる！ホークの目的はルパン、次元、不二子の処刑であった。アジトを脱出したルパンたちの車とホークのバイクが激しくチェイス。と、いきなり巨木が倒れかかってくる！巨木の上に現れたのは、ホークを仇と追う五ェ門だった。「助太刀無用！」そう言い放つ五ェ門。ホークとの死闘が始まる。だが―‼