1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。11岁的少年八神太一（藤田淑子配音），和伙伴石田大和（风间勇刀配音）、武之内空（水谷优子配音）、泉光子郎（天神有海配音）、太刀川美美（前田爱配音）、城户丈（菊池正美配音）、高石武（小西寛子配音）一起参加了夏令营，一次意外却被神秘地送到了一个多彩的数码世界。在那里，他们得到了叫做“数码宝贝”的搭档。进入数码世界后，八神太一一行人遇到了凶恶的怪兽贝壳兽，眼看大家都要被抓住的时候，太一的亚古兽忽然进化成为暴龙兽，拯救了他们。进化到底是怎么回事情？数码世界究竟是什么？无数的谜团出现在被召选的小朋友们面前，精彩的冒险就这样开始了……

仓田纱南（小田静枝配音）从小就进入剧团表演，以童星的身份出道，人气十分了得。可是，即使是这样的孩子也有着数不清的烦恼。班上名为羽山秋人（中崎达也配音）的男生带头反抗老师，使得班级陷入混乱之中，令纱南十分头痛，然而，当纱南得知秋人悲惨的身世和糟糕的家庭状况之后，决心依靠自己的力量来治愈秋人。佐佐木刚（三泽真弓配音）是纱南和秋人的朋友，善良的刚不幸遭遇了家庭破裂的悲剧而遭到同学们的嘲笑，就在此时，善良的杉田亚矢（菊地晶子配音）站了出来，不仅袒护了刚，跟做出了惊人的告白。在不知不觉中，纱南已经深深喜欢上了秋人，然而，当她意识到自己的感情之时，却得知秋人已经开始了和好友松井风花（生驹治美配音）的交往。