突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。世界的命运托付在了一位年仅14岁的少年身上，而“第二次冲击”所隐藏的“人类补完计划”似乎也开始了行动。掌握一切答案的碇元渡，却只是不动生色地观察，仿佛一切早已写入剧本。

在“香兰堂”古董店打工的美术院学生仓桥永莉，被古老雕花玻璃杯中映出的金发碧眼的可爱少女吸引，秘密地享受着与这非人幻象邂逅的愉悦。香兰堂位于善导寺商店街地中心，那里出入的都是年轻美丽的女性，然而仓桥却没有任何兴趣，只是迷恋着玻璃杯中的少女。第七天的夜里，在雕花玻璃杯里，永莉看见了自己将少女杀害的幻象。然后，从玻璃杯中溢出鲜血，少女的幻象实体化，迫使永莉定下契约。这个名叫“柯婕特”的少女，要求永莉救出自己在“被诅咒器皿”中徘徊的灵魂。“喝下去，如果不想分离……如果不想失去我”，永莉被柯婕特强迫，喝下玻璃杯中鲜血定下“血之契约”。过了一夜，醒来的永莉已经不能再看到玻璃杯中的柯婕特的身影，于是把这一切当作是梦，重新振作，将玻璃杯卖给了暴发户的富豪。然而，去富豪家中交货时，在那里永莉看见了实体化的柯婕特。回到家中，永莉抑止不住想见柯婕特的心情，再次来到富豪的家中，然而在那里的是已变成尸体的富豪及其情人......目击柯婕特临死状态的“被诅咒器皿”中的玻璃杯，吸取了富豪他们的鲜血，杀死了他们。之后，这个玻璃杯的怨念附在永莉身上，想要夺其性命......