1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。11岁的少年八神太一（藤田淑子配音），和伙伴石田大和（风间勇刀配音）、武之内空（水谷优子配音）、泉光子郎（天神有海配音）、太刀川美美（前田爱配音）、城户丈（菊池正美配音）、高石武（小西寛子配音）一起参加了夏令营，一次意外却被神秘地送到了一个多彩的数码世界。在那里，他们得到了叫做“数码宝贝”的搭档。进入数码世界后，八神太一一行人遇到了凶恶的怪兽贝壳兽，眼看大家都要被抓住的时候，太一的亚古兽忽然进化成为暴龙兽，拯救了他们。进化到底是怎么回事情？数码世界究竟是什么？无数的谜团出现在被召选的小朋友们面前，精彩的冒险就这样开始了……

表面上，高岭清麿（樱井孝宏配音）是一个个性孤僻不爱上学的不良少年，但他其实是个拥有超高智商的天才少年。某日，一个外表奇特的男孩找到了清麿，男孩告诉清麿自己叫卡修（大谷育江配音），此行前来的目的是为了报恩。就这样，清麿收留了卡修，两人的同居生活正式开始。在卡修随身携带的红书里，隐藏了卡修失忆的线索，而清麿居然轻易的就读懂了上面古怪的文字，从而展开了一段魔幻奇缘。原来，在这个世界上，存在着很多像卡修这样带着魔法书的孩子们，在他们之间，以破坏其余的魔法书为目的，持续着一场浩荡的战争。而卡修和清麿，亦被卷入了这场残酷的战争中去。

2010年，曾经的小学生们已经步入大学，太一、阿和等人步上不同的人生道路（八神太一和石田大和将会成长为22岁），而就在此时，数码宝贝的研究者メノア(松冈茉优配音)却告诉他们：“被选召的孩子们”长大成人后，数码宝贝也将随之消失…。预告中字幕表明这是“太一他们最后的故事”，结尾则注明：献给所有和数码宝贝一起成长的“孩子”们，还有亚古兽注视着长大成人的太一的背影，“太一，你长大了呢”。

相原琴子（水树奈奈配音）是一个各方面都非常普通的女子高中生，刚刚升上高中的时候，她对在学校有着极高人气的校草级帅哥入江直树（平川大辅配音）一见钟情，而如今已经是一名准毕业生的她和直树之间依然有着非常遥远的距离。难道这样的状况要一直持续到毕业吗？焦急的琴子不管不顾的递出了情书。没想到，直树连看没看就残酷的拒绝了琴子的表白。失落的琴子回到家中，当晚发生了大地震，琴子的家在地震中毁于一旦。父亲重雄（岛田敏配音）将琴子托付给了自己的好友，没想到这名好友居然就是直树的父亲！就这样，琴子和朝思暮想的直树开始了同居生活，而在朝夕相处中，直树是否会对琴子的印象有所改观呢？

故事發生在被選召的孩子們首次接觸數碼世界的6年後。2005年的一天，東京港區海面上的波浪在朝陽下搖曳……17歲的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的鬧鐘，踢開混亂的被鋪，低聲滴咕下伸展四肢。拉開了窗簾，光線照到桌上一幅「那一天」的集體照上。隨後他在「一路順風，哥哥」的送別聲下，騎上腳踏車出門，奔向那片初夏的青空……現在，冒險再度進化……

世界的崩溃开始了。暴走的大缅因猫兽吸收了黑暗进化的迪路兽、用强大的力量进化成了秩序兽。根据世界树的想法，现实世界将被数码世界所吞噬。在绝望迫近的时候，被选中的孩子们拼命地向前。现在太一不在了，能代替他带队的只有大和。「为了拯救世界，我们还有必须要做的事情！」加布兽的话给大和带来了活力，而亚古兽则坚信太一定会回来。另一方面，恒常性要处置失去控制的秩序兽、并尝试施行干涉现实世界的最终计划。为了阻止毁灭的到来，被选召的孩子们和他们的搭档拼命地战斗。「所有的光芒，都汇聚在了缅因猫兽…」绝望的迪路兽向大家说到。孩子们做出最后决定的时候到了。被选中的孩子们，自己将选择怎样的未来？现在，冒险将再一次进化。

缅因猫兽的暴走，以及由此引发的重启。留下苦恼的芽心，太一等人前往数码世界。重逢的搭档数码宝贝们，失去了至今为止的全部记忆。即使如此也为了再次筑起羁绊，而伸出手去的被选召的孩子们，与回应此的数码宝贝们。但，唯有比丘兽即使进化为成长期，也依然表现出警戒……“所以说过去的事情我不知道啦！”面对比起自己更加优先关心他人的空的好意，比丘兽反而抱持着不信任感。对于因受伤而久久伫立的空，太一和大和找不到能对她说的话语。接下来，应该在数码世界做些什么才好——在商谈此事的众人面前，缅因猫兽突然现身，之后又消失了。他不知为何残留着原先的记忆，寻找着芽心，含泪彷徨着——看到这副景象，孩子们为了拯救缅因猫兽而对数码世界之旅下定了决心。但，他们的面前却出现了那个驱使黑暗四天王的男人的身影。此时，现实世界的西岛收到了姬川失踪的报告。调查此事的他，查出了姬川至今为止的行动背后隐藏着某个目的。此事还关联着决定了两人命运的过去的某件事……

看到搭档望月芽心被有着玄内样貌的神秘男人所伤，缅因猫兽再度开始暴走。“不能让你诞生在世上…”从现实世界消失的缅因猫兽，正是歪曲本身。是拥有过于巨大力量的，毁灭世界的钥匙——西岛大吾以及出现在望月博士之处的黑客兽，逐渐解明真相。保证世界调和的恒常性将现在变得过于强大的缅因猫兽视为危险，而要将其切除。随着暴走的缅因猫兽的出现，现实世界开始进入毁灭前的倒计时。其所波及的地点接连发生异变。因歪曲而现身的数码宝贝们，等待着那一时刻的来临——被选召的孩子们，受到异常的数码世界排斥，返回现实世界，却因为与搭档数码宝贝在一起而遭到人们的追赶。众人陷入孤立无援却仍然拼命地寻求对策，与此同时芽心独自一人持续烦恼着。同伴和数码宝贝的声音，都传达不到因背负过大的负担而遭受打击的她心中…之后，残酷的命运，甚至逼近了灵魂比任何人都率直纤细的八神光身边——

太一等人因为狮子兽的死产生了动摇，而光子郎则提议找出缅因猫兽被感染的真相。但作为缅因猫兽主人的芽心却想不到为何缅因猫兽会被感染。为了防止其他数码宝贝被感染，光子郎在办公室建立了隔离区，然而巴达兽却已经出现了被感染的征兆……此时，数码宝贝们告知了大家一个有关数码宝贝世界的重大秘密。面对秘密的真相以及再度出现的缅因猫兽，太一等人陷入了苦恼当中，而在各自的想法碰撞中，他们也做出了自己的决断……“如果总是想着总有一天会怎么样的话，那么就不知不觉要成为大人了哦。”现在，冒险再度进化。