故事发生在被天空之壁分为三区块的《幪面超人BUILD》的世界，竟然出现了《幪面超人EX-AID》世界的敌人怪人崩源体：为何不该出现在这的敌人会来到这世界？面对神秘敌人而毫无应对方法的战兔，一个身体半边被金属覆盖的神神秘男人出现在他眼前。自称科学家的男人启动了巨大的机器，上空竟出现了倒立的另一个世界。另一边，EX-AID的世界也发生同样的状况。有天空之壁的世界正逐渐的坠落到EX-AID的世界，距离两个世界冲突碰撞的时间还剩下24小时。世界末日的倒数开始…！面对前所未有的危机，能拯救人类的只有那群战士。凌驾前作的规模，前所未见的动作场面，不该有交集的英雄们终于相遇。谜团重重的故事即将解开——

ゲーム会社「マキナビジョン」の社長、ジョニー・マキシマが、仮面ライダー風魔と忍者プレイヤーたちを使って、新たなバグスターウィルスを撒き散らした!「マキナビジョン」の幹部・南雲影成がゲームプレイヤーに選んだのは難病で余命いくばくもない少女・まどか。新型ウィルスに感染した人々はみな昏睡状態に陥り、仮想現実の世界で、現実とは異なる時間を過ごしていた。鏡飛彩や花家大我、さらにはバグスターであるポッピーまでが感染する中、まどかは仮想現実の世界で、元気に駆けまわる。「マキナビジョン」の目論見通りの結果が、そこに表れていた。永夢は黎斗やパラドの協力を得ながら、現実世界で患者たちの意識を取り戻させるべく、仮想現実の世界へ飛び込む。そこには貴利矢の姿もあった。「マキナビジョン」がまどかをプレイヤーに選んだ理由と真の目的は何か。やがてエグゼイドたち仮面ライダーの前に出現する、最強にして最後の敵。果たして永夢は、そして若き医師たちは、究極のゲームをクリアし、患者たちの運命を変えることができるのだろうか?