本剧讲述的是嘉靖与海瑞的故事。嘉靖三十九年，贪墨横行、民不聊生。奸臣严嵩（倪大红饰）党羽密布、权倾朝野，清官海瑞（黄志忠饰）不惧强权，敢于向腐朽封建的皇权发起挑战。皇帝朱厚熜（陈宝国饰）练道修玄二十载，始终把控着大明朝的军政、经济大权。当时的中国经济发达，市井文化也算繁荣，但社会各阶层矛盾突出，国家大面积实施的土地兼并使千百万农民一夜之间失去了赖以生存的土地。严嵩的专权引起了地方各级官员的不满，“倒严”之声甚嚣尘上，从上至下、从里到外，从朝廷到地方官府，到处充斥着尔虞我诈、勾心斗角的血雨腥风。忠臣良将与乱臣贼子纷纷登上了当时的历史舞台......

开国大典之后，百忙之中的毛泽东开始关注在押的国民党战犯的情况。根据各方面意见，毛泽东确定了对战犯的总体政策：不审不判不杀，给予人道主义待遇，组织政治学习和参加劳动改造，待时机成熟后，再酌情提出处理办法。在公安部的具体组织下，各地成立战犯管理所，其中北京功德林管理所规模最大。原先关押在华北等地的国民党战犯，陆续向功德林管理所集中。王英光奉命赶到公安部报到，他见到了很多“故人”。有耿直的国军中将军长陈瑞章、多疑善变的国防部保密局华北行动处中将处长的刘安国；故意捣蛋、只求速死的国民党军少将师长叶立三、迷信偏执的国民党军中将兵团司令蔡守元等人。这些原国民党高级将领担心会受到审判，并且执迷于“蒋介石反攻大陆”，而表现出不同的状态。有满脑袋“忠孝节义”、“不成功便成仁”采取自杀、绝食、侍机逃跑的；有担心会遭到对方报复、痛哭不已，丑态百出的；有在被俘之后，即开始极力讨好解放军官兵，立功心切的；有参与了策反工作和战场信息咨询工作等等。王英光和这群战犯们斗智斗勇，最终使这些人认识到了党中央改造战争罪犯的良苦，就此，管理处军心稳定。最终，这批战犯在王英光等功德林管教人员的带领下主动学习马列主义原理，以毛泽东思想对照自己的行为，积极投身于学习改造的各个环节。1959年，首批战犯特赦，与此同时，王英光完成了使命，和功德林的医疗人员梁冬芳收获爱情。被特赦者重新回到人间，这批人于1949年共产党在战场上打败，于1959年在心灵上被共产党彻底降服。