这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。在结束了在成都地区的旅行后小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪...在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行

这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。在结束了在成都地区的旅行后小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪...在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行

曾经，在那个叫做聚慎国度中，有着一群让恶人们闻风丧胆的秘密官吏，他们受政府驱使，隐姓埋名不露声色，在暗中替天行道惩奸除恶，人们称他们为暗行御史。可是，随着国家的破灭，这支强韧有力的队伍也随之解散，可是，属于暗行御史的传说并未消失，在传说中，有一个男人，他长着修罗的面孔，有着天神的体魄和钢铁般的意志，立志要把暗行御史的职责奉行到底，这个男人的名字叫做文秀（藤原启治配音）。在流浪中，文秀遇见了他的最佳搭档山道（小林沙苗配音），而他们必须共同面对的，是曾经的同僚如今的敌人，而在不断的类似于苦行的战斗之中，曾经使聚慎王国毁灭的罪魁祸首也渐渐浮出了水面。