金刚（许冠杰饰）与光头佬（麦嘉饰）在一次泰国的任务中不欢而散，自此分道扬镳各奔前程……时间一晃三年，国宝兵马俑与秦皇宝剑在赴港展出的路上被白手套一伙施调包计窃走，自称“新最佳拍档”的飞贼姐弟（利智&张国荣饰）再由白手套手中夺走宝剑，并高调登报嫁祸于最佳拍档。一时间，大陆方面派出的中国蓝波（李元霸饰）与白手套等人均认为退出江湖的最佳拍档是夺剑人，对金刚和光头佬展开连番追捕。最终两个老搭档终于澄清误会，联合飞贼姐弟接受大陆方面的艰苦训练，以期能够为保护国宝而战……本片是《最佳拍档》系列电影的第五集。

警界老油条阿辉（周润发饰）生性风流，凭借自己父亲昔日手下沾叔（黄沾饰）的维护，阿辉在警局虽然得不到升迁，但也落得清闲。新进警员曹里昂（李元霸饰）的到来打破了这一切，曹大胆甚至莽撞的办案方式连累阿辉大出洋相，阿辉虽恨曹里昂，但碍于上司命令，不得不与曹搭档。与此同时，毒枭罗茂森（徐少强饰）的手下毒蛇炳将其交易的毒品调包私自出售，毒蛇炳之妹当娜（利智饰）配合售毒。兄妹二人非法入港相依为命，希望藉由毒品生意改善生活。罗茂森团伙杀人引起警方注意，阿辉与曹里昂两人接手此案，他们很快从当娜身上得到了线索。而罗茂森亦发现毒蛇炳偷梁换柱的所为，一时间阿辉与罗茂森展开了对当娜的争夺……