小学生木之本樱（丹下樱配音）是一个平凡的女孩，有一个温柔的爸爸木之本藤隆（田中秀幸配音）和一个体贴的好友大道寺知世（岩男润子配音）。一天，在父亲的书房中她发现了一本尘封已久的魔法书，并无意间解除了书上的封印，一只会说话的玩偶可鲁贝洛斯（久川绫配音）出现在了她的面前。小可告诉她，自己是守护这本书的神兽，书中封印着名叫库洛牌的东西。现在，封印解除了，它要小樱成为库洛魔法师，它将协助她收复这些四处捣乱的库洛牌。隔天，小樱的班上转来了一个名叫李小狼（熊井素子配音）的转学生，这个外表酷酷的男孩原来也是冲着库洛牌而来。随着库洛牌的封印，越来越多的角色出现在了小樱的身边，而他们的真正目的，却还不得而知。

2062年，为了轨道电梯的所有权，地球分为两大阵营而互相争夺；主角桂木桂隶属的自由宇宙军，计划以新研发的D兵器“时空震动弹”破坏轨道电梯的能源供应，但是行动遭遇到敌对阵营的猛烈炮火而不得不撤退，危急中怒火中烧的桂木桂，启动了尚未调整好的时空震动弹，结果引发了始料未及的时空混乱，造成多元世界同时出现互相混合，并形成了“相克界”，桂木桂也因此被卷入震波而时空转移，来到了事件发生的20年后的混乱时空世纪20年。桂木桂被埃曼人（エマーン）的商队寻获并一同行动，但是桂木桂却由于身为修复混乱时空的关键“特异点”，因而成为各势力争夺的目标；在不断战斗与寻求解决之道的同时，桂木桂官校的同窗欧森竟然出现在眼前，并且与他兵戎相见；甚至还见到了自己未来的女儿雅典娜。桂木桂最终将面对新旧交杂的世界，并试图修复时空混乱的局面。而桂木桂终于发现，要想让时空回归正轨的最后手段，竟是得前往当初时空震动弹启动前那一刻的时空中，并杀死当时的自己…

运气绝佳的小樱（丹下樱配音）在买文具时，抽中了特等奖，去往香港的旅行。这个意外之喜让小樱极其兴奋。最后商讨出的结果就是小樱、知世（岩男润子配音）、桃矢（关智一配音）及雪兔（绪方惠美配音）四人一起去香港游玩。四人到达香港后，小樱捕捉到了奇怪的气息，一直尾随着四人。在追逐的过程中，小樱意外与小狼（熊井素子配音）和莓玲（野上尤加奈配音）相遇。四人于是被小狼带回了家作客。小樱在小狼家做了奇怪的梦，事后被小狼的母亲占卜，告知原因是因为小樱强大的力量易招引魔力，且告知小樱要警惕水。梦中的景象似乎是预告，而这次香港之行似乎冥冥之中被谁操控着……

在奥内米斯王国里，有一支本应担任宇宙探险飞行的军队——王立宇宙军。但由于种种因素，他们始终只是一支无所作为的军队，甚至被其他军队视为废物。原本安于现状，只是在军队中混日子的年轻士官希洛兹（森本玲夫配音），与美丽的少女莉库妮（弥生みつき配音）邂逅，被她的单纯与虔诚所吸引，逐渐开始改变自己的人生态度——成为第一个探索宇宙的人，让“王立宇宙军”成为名副其实的宇宙探索者。但现实是残酷的，奥内米斯王国内部的腐败使他们的信念一次次受挫，似乎人们都更关注于地面上丑陋的斗争，虽然王立宇宙军最后得到了飞行的机会，但那确是帝国内部的阴谋，企图牺牲希洛兹搭乘的火箭，以作为和邻国开战的借口。即便这样，希洛兹还是坐上了火箭，他能否看到太空中的日出呢……