突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。世界的命运托付在了一位年仅14岁的少年身上，而“第二次冲击”所隐藏的“人类补完计划”似乎也开始了行动。掌握一切答案的碇元渡，却只是不动生色地观察，仿佛一切早已写入剧本。

经验丰富稳重可靠的贤狼赫萝（小清水亚美配音）遇见了孤身一人独自旅行的商人罗伦斯（福山润配音），两人结为了旅伴，携手踏上充满了未知的旅程。某日，他们从教会都市出发，前往赫萝的故乡约伊兹。途中，两人来到了正在举行着盛大祭奠的城市库梅尔森，一位名叫阿马堤（千叶纱子配音）出现在了他们的身边。阿马堤是一位善良热心的鱼商人，他被赫萝的活力与自信深深吸引，情不自禁坠入了情网。而罗伦斯的内心里对于赫萝也产生了微妙的感情，看着阿马堤对赫萝的热烈攻势，罗伦斯的心中不知是什么滋味，而他同赫萝也似乎陷入了一个误会之中。