故事发生在私立高藤学园的校园中，这一年，童年好友大岛祐树（中村悠一配音）和住吉千里（中村绘里子配音）共同升上了二年级。作为在校学生，课后的社团活动是校园生活必不可少的一部分，祐树和千里伙同同学木场冬美（水桥香织配音）一同组织了“食品研究部”。说是研究部，其实不过就是大家在一起分享美味的零食，但这简单的活动带给了女孩子们无比美好的课后时光。不幸的是，研究部最大的敌人东云皐月（浅川悠配音）发出了“解散没有实际成绩的社团”的宣言，而他本人很可能即将当选学生自治会的会长。为了保护心爱的社团，女孩子们决定以竞争对手的身份加入竞选，一场轰轰烈烈的社团保护战开始了。

1945年、5月1日……德国。在陷落的柏林，一些人正在进行某个仪式。对他们来说在战争中败北不过是鸡毛蒜皮的小事，甚至还将在战争中产生的大量牺牲者作为仪式的触媒献为祭品。他们的尝试成功了还是失败了，没有人知道。他们在战后隐藏了行踪，不知是生是死，甚至让人无法确定他们是否真实存在过，无人知道真相，只有传言传播。圣枪十三骑士团——纳粹德国的黑暗中诞生的超人们。他们终将回归。其时世界将破灭。故，决不可允许他们的再来——这样一个传言。然后61年的时光流逝。知道他们的存在的人，大部分已经死亡，众人忘记了他们。然而——2006年……日本。就读諏訪原市的学园的藤井蓮，在某事件之后与好友・遊佐司狼决裂，仿佛厮杀般干架的结果是两个月的被迫入院生活。季节由秋转冬——圣诞临近的12月。怀着仿佛半身被夺的丧失感，退院的蓮想着要重新构筑没有司狼的崭新日常生活。往者不可追。那么，至少要珍惜如今手中之物……但是，连这个愿望也分崩离析。每晚梦见的断头台的噩梦。狩猎人头的杀人犯。追杀他的黑衣“骑士”们。超越常识的不条理覆盖城市，逐渐侵蚀。这份异常完全不是两个月前能相比的，暴力到粉碎至今为止积累而成的全部事物的非日常。不改变的话，没法活下去。不活下去的话，没法回去。在以加速度疯狂下去的世界中心，蓮独自跨过日常与非日常的界线。并没有期望什么了不得的事。也不是想高举正义与大义的旗帜。只是，想回去而已。回到没趣、无聊然而平凡、温暖的那段时光。胸怀悲壮的决意，司狼的声音回响。只要还在这个城市，无论是谁迟早都要疯掉——他如是说。与圣枪十三骑士团的战斗。充满狂气与杀戮与诅咒的战争的连续。在那尽头，蓮究竟将会看到什么呢。

「竜を飼う国」ロートレアモン騎士国に建つ竜飼い人の育成施設「アンサリヴァン騎竜学院」に通う上級課程一年のアッシュ・ブレイクは、ある特殊な才能を持つにもかかわらず、未だ自分の相棒たる竜が誕生しないことから学院一の問題児とされていた。ある日学院の行事である竜によるレースの最中、他国のスパイに遭遇したアッシュは彼らを退けたものの、崖下へと転落してしまう。その時、アッシュの左腕に刻まれた星刻が輝き、そこから幼竜が誕生したことで生き延びる。しかし生まれた竜は何故か人間の少女の姿をしていて、目覚めた途端に「あたしがあんたの飼い主なのよ！」とアッシュに対して逆飼い主宣言をしてしまう。かくして「あらゆる竜を乗りこなす男」アッシュ・ブレイクは、唯一乗りこなせない相棒エーコと共に波乱の学院生活を送り始めるのだった。