自从小时候母亲去世以来，就封锁了心灵的真。一直守护在他身旁的，青梅竹马琴莉。高中三年级的现在，就在终于准备跨出一步的两人面前，来自另一个日本的，另一个“我”突然出现——。

2013年，瑞士的原子核研究机构“CERN”——在希格斯玻色子这一发现的暗影之下，某个秘密计划启动了。这一计划的名称是“Niantic计划”。其目的是研究干涉人类精神的未知物质。被称为“奇异物质（XM）”的这种物质，自古以来就感应着人们的精神及能力，甚至给人类的历史带来了极大的影响。世界各国的机关暗中进行着这项研究。XM被视为人类的希望或是威胁，大国及巨大企业为此而爆发了争夺战。接受XM的力量，并准备将其利用于人类进化的“启蒙军”。将XM视为威胁，并准备控制它的“反抗军”。世界划分为这两大阵营，至今仍在持续着争斗。在这个世界发生的争斗背后，正是XM的存在。之后，2018年——。以东京和世界为舞台，围绕着XM的新战斗开幕。将动画、在线位置信息游戏以及现实连结起来，从未体验过的全新“增强现实娱乐”开始了。。