故事发生在遥远的月球之上，彼时，那里已经变成了适宜人类居住的星球。某日，来月球旅行的遥大地（松冈洋子配音）邂逅了名为“兔人”的月球种族，他们告诉遥大地，他们位于月球内层的星球遭到了邪动族的侵略都和霸占，为此，他们踏上了寻找能够对抗邪动族的勇士的旅程。让兔人们没有想到的是，遥大地竟然就是他们要找的光明魔动战士，通过魔法阵，遥大地召唤出了地之魔动王。之后，召唤出风之魔动王的山本加斯（松田辰也配音），召唤出水之魔动王的玛利乌斯（安达忍配音）等人纷纷登场，一行人来到了圣地路那，准备在那里展开一段惊心动魄的奇幻旅程。

2062年，为了轨道电梯的所有权，地球分为两大阵营而互相争夺；主角桂木桂隶属的自由宇宙军，计划以新研发的D兵器“时空震动弹”破坏轨道电梯的能源供应，但是行动遭遇到敌对阵营的猛烈炮火而不得不撤退，危急中怒火中烧的桂木桂，启动了尚未调整好的时空震动弹，结果引发了始料未及的时空混乱，造成多元世界同时出现互相混合，并形成了“相克界”，桂木桂也因此被卷入震波而时空转移，来到了事件发生的20年后的混乱时空世纪20年。桂木桂被埃曼人（エマーン）的商队寻获并一同行动，但是桂木桂却由于身为修复混乱时空的关键“特异点”，因而成为各势力争夺的目标；在不断战斗与寻求解决之道的同时，桂木桂官校的同窗欧森竟然出现在眼前，并且与他兵戎相见；甚至还见到了自己未来的女儿雅典娜。桂木桂最终将面对新旧交杂的世界，并试图修复时空混乱的局面。而桂木桂终于发现，要想让时空回归正轨的最后手段，竟是得前往当初时空震动弹启动前那一刻的时空中，并杀死当时的自己…

1889年，世界正处于工业革命蓬勃发展的时代，国与国之间交往密切，距离一下子被拉近。然而贪婪仍是主流，欧洲列强在亚非地区展开掠夺，战争的阴影始终笼罩在世界的上空。当年在法国巴黎举行的万国博览会上，酷爱发明的14少年让（日高のり子音）结识了来自马戏团的女孩娜蒂娅（鷹森淑乃音）。黑色的头发、褐色的皮肤以及周身散发的神秘气质另让倍感好奇，而他很快便和娜蒂娅卷入一场纷争之中。钟爱宝石的格兰蒂斯及其两个手下汤姆和汉森对娜蒂娅胸前佩戴的蓝宝石展开围追堵截，他们此时还不知道，这块宝石隐藏着惊人的秘密。在接下来的日子里，让和娜蒂娅围绕这颗宝石展开了一连串的大冒险……本片根据科幻小说《海底两万里》和《神秘之岛》改编。

表面上看来，桃子（冰上恭子配音）、百合（野上尤加奈配音）、雏菊（宫村优子配音）和红花（今井由香配音）是四个活泼可爱个性开朗的女孩，可是在背地里，她们还有这另一重身份——为了拯救天使界而战斗的“爱天使”。随着时间的推移，曾经激烈的战斗已经成为了过往，过上了平静生活的四人逐渐失去了作为“爱天使”的记忆。一次旅途中，前往海边度假的四人意外的遭到了妖怪的袭击，之后现身的阿布罗狄女神（病藤真子配音）恢复了四人的记忆。一枚神秘戒指的出现令来自魔界的普雷（矢尾一树配音）再度蠢蠢欲动，而这枚戒指不再别处，正巧就在桃子的手中。