本片根据雾社事件史实改编。1895年，《马关条约》割让台湾之后，日本遂即武力接收台湾，宝岛各地纷纷被攻破。而台湾山区因道路不通，原住民生活尚暂未受影响，雾社地区的赛德克人之中，马赫坡年轻一代的莫那鲁道（游大庆饰）英勇过人，率族群与甘卓万人争斗不休。日人垂涎雾社地区的丰富资源，试图染指但遭到赛德克人强烈抵抗，伤亡惨重，然终于借原住民族群之间的互相仇杀侵入了雾社。莫那鲁道只得忍辱投降，但心中的火苗从未熄灭。时间推至1930年，日本对于雾社原住民的“文明改造”历经多年，日语等所谓文明并未给予原住民平等的生活，日人的欺压和繁重劳作侵蚀着赛德克人的传统和尊严，多年的愤怒累积，终于在这一年全面喷发！

莫那鲁道（林庆台饰）率领族人在公学斩杀异族血祭祖灵后，拥有了通过彩虹桥的资格，剩下来的，就是在英勇战斗后从容赴死。在日本方面，雾社的消息很快传达各处，陆军少将镰田弥彦率军队与警察组成的联合部队，迅速发起讨伐。马赫坡等社分头行动，利用地形优势和灵活战术给予日军先头部队重大杀伤。山地警小岛（安藤政信饰）利用个人威望和部族矛盾成功劝说铁木瓦力斯（马志翔饰）连同部落加入日军阵营，协助围攻莫那鲁道。在开战初期，随部落向密林转移的妇孺为了不拖累战士们，纷纷自尽，在矛盾中痛苦的一郎亦选择了切腹。镰田弥彦对部队的缓慢推进大为光火，不惜使用糜烂性炸弹对付赛德克人。满山火光中，莫那鲁道迎来了最后决战的时刻……

清朝末年，北京安府为祖传的医药世家。至安霁和与妻秦氏接掌时，因调配出能医治百病、延年益寿的妙方“还魂丹”，而在医界喧腾，引来各方争夺。安霁和死后一年，“还魂丹”因朝廷的征用引来家破人亡的浩劫，甚至殃及已经嫁出的女儿安天澜，令其夫婿不幸枉死，而刚怀身孕的她则辗转逃至江南生下不能说话的女儿方惜若。因为家族落魄，方惜若的成长受尽了折磨和刁难，十八年后，方惜若卷入复杂难解的感情纠葛，在历经了家族含冤灭门、母女寄居受虐、人生颠沛流离的重重磨难后，她一步步解开了自己的迷离身世，并将家族“还魂丹”的秘密最终揭开。