故事发生在二十一世纪末，彼时，魔法早就已经不再仅存与神话和传说之中，而是同科学与超能力融合，成为了人尽皆知的存在。国家甚至成立了魔法大学附属第一高校，专门培养此方面的人才，以便更好的为国家效力。司波达也（中村悠一配音）和妹妹司波深雪（早见沙织配音）是魔法高校的新生，深雪是能力优秀的“花冠”，而达也则是作为其替补的二科生“杂草”。在学园中，兄妹两人结识了许多有趣的同伴们——个性大大咧咧不拘小节的千叶艾丽卡（内山夕实配音）、文静胆小的柴田美月（佐藤聪美配音）、正直勇敢的西城雷欧哈鲁特（寺岛拓笃配音）、认真努力的吉田干比古（田丸笃志配音），在学习的过程中，存在于学园之中的秘密也在逐渐揭晓。

巧克莉（松本真理香配音）和香草（井端珠里配音）是生活在魔界的两个活泼可爱的小魔女，她们其中的一人，将会成为下一任魔界女王，为此，两人之间展开了激烈的竞争。两个姑娘来到了人界，她们的任务是收集由人类心情凝结而成的结晶，数量更多着便能够赢得比赛获得女王的头衔。巧克莉个性开朗热情，将对付人类看成是小菜一碟，谁知道人界和魔界大相径庭，反倒是有些内向害羞的香草更受欢迎。某日，巧克莉邂逅了名为皮耶尔（小西大树配音）的少年，从来不知真爱为何的巧克莉坠入了情网，这也就意味着她即将失去她的魔女之心。不仅如此，邪恶的欧葛尔人企图统治人魔两界，它们将打击的目标首先放在了巧克莉和香草的身上。

作为一个四年前从学校退学之后就一直靠啃老来过活的死宅男佐藤达广（小泉豊配音）来说，今天也是家里蹲的一天。突然间，一阵敲门声打破了他的日常妄想。打开门，出现在门口的美少女让佐藤简直不敢相信自己的眼睛，而美少女说出的话也让佐藤吃惊的说不出话来。原来，少女名叫中原岬（牧野由依配音），自称是“日本废柴协会”的成员，而她此行到来的目的，正是帮助佐藤重新振作，脱离废柴的行列。一直住在隔壁的动漫美少女控山崎薰（坂口大助配音）也是协会的一员？进入协会的首要任务就是制作H游戏？口口声声要帮助自己的中原自己也是一个只有靠帮助他人才能找到存在感的废柴？诸多事件的发生让佐藤渐渐开始怀疑，这个所谓的协会，很有可能是一个阴谋。

相良良晴（江口拓也配音）是一名平凡的高中生，某日，在一场意外之中，他竟然穿越回了群雄争霸的战国时代。在那里，相良良晴震惊的发现，在这里，那些史书中拼杀在前线的枭雄们，竟然都是可爱的女孩子！本想效忠于织田家的木下藤吉郎（盐屋翼配音）壮志未酬身先死，相良良晴则在误打误撞之中代替了他的位置来到了织田家。在这里，相良良晴结识了身为十六岁少女的织田信奈（伊藤加奈惠配音），成为辅佐她的家臣。在共同经历了各种腥风血雨危难时刻后，相良良晴和织田信奈之间也产生了真挚的感情。无奈，相良良晴并不属于这个时代，他和织田信奈之间的感情会迎来完满的结局吗？