东汉末年，世道离乱，十常侍祸乱后宫，危及朝廷，娃娃皇帝接连遇害，外戚只手遮天，专权其上。西凉军阀董卓（滝口顺平配音）趁机入主洛阳，戕害大臣，其义子吕布奉先（津嘉山正種配音）更是以一当百的军神。在外则有张角（乡里大辅配音）领导的黄巾军打着“苍天已死，黄天当立，岁在甲子，天下大吉”的旗帜掀起农民起义。世道离乱，群雄逐鹿。中山靖王之后刘备（あおい輝彦配音）在命运的感召下，与关羽（青野武配音）、张飞（石田太郎配音）相逢，最终桃园三结义，加入了群雄争霸的浪潮。曹操（渡哲也配音）、袁绍、袁术、公孙瓒等各路豪杰相继登上历史舞台，从而拉开了三国争霸的序幕……

司徒王允设下连环计，赚得吕布杀死董卓。而各路诸侯经过前期的攻伐兼并，此消彼长，慢慢形成了几个主要的军事集团。曹操孟德（渡哲也配音）率先进入残破的洛阳迎接汉献帝（佐藤浩之配音），从而以丞相身份挟天子以令诸侯，其麾下文有荀彧，武有夏侯惇，可谓良才如云。长江以南，孙权（柴田秀胜配音）结果兄长孙策的权杖，建立起割据一方的东吴政权。与此同时，相对弱小的刘备（あおい輝彦配音）听从诸葛亮（山口崇配音）的建议在蜀地形成自己的一方势力。三国鼎立的局面即将形成，而孙刘两家还将迎来曹操大军的进攻，这正是名垂青史的赤壁之战……

三顾茅庐后著名的隆中对以及具有决定性意义的赤壁之战，帮助刘备（あおい輝彦配音）称霸一隅，和强大的曹操（渡濑恒彦配音）、孙权（柴田秀胜配音）形成三足鼎立的格局。公元208年，诸葛亮（山口崇配音）与东吴水军都督配合，在赤壁击败曹操的八十万大军，从而使刘备确立了在荆州的统治。为了进一步实现三分天下的格局，刘备在庞统、魏延、黄忠等人的陪同下入军蜀中，途中却受到自称关羽之女凤姬（鶴ひろみ配音）的飞矢警告。他自告奋勇帮助刘璋迎战汉中张鲁，而一代谋士庞统最终死在了落凤坡。魏、蜀、吴三国之争进入了最后决断时刻，谁将成为中原霸主……

奥林匹克众神中不乏妄图统治天空、海洋、大地的野心之辈，在遥远的神话时代，冥王哈迪斯曾率领108冥斗士向人类世界发起攻击，智慧女神雅典娜则率圣斗士们奋起迎敌。连番苦战之后，哈迪斯及其军团战败，他们全部被雅典娜封印，而圣斗士也几乎损伤殆尽。数千年后，圣斗士刚刚结束与海王波塞冬的苦战。遥远的东方，女神的封印失去效力，古塔中的冥斗士又重新蠢蠢欲动。哈迪斯将历次战争中死去的圣斗士复活，撒加、卡妙、米罗这些曾经风光无限的黄金圣斗士，如今披上黑光闪闪冥衣，向他们曾经守护过的圣域发起攻击……

20世纪末，15岁的少年榊原恒一（阿部敦配音）由于父亲前往海外公干的原因，于是来到亡母的家乡夜见山市，暂住阿姨三神怜子（宮牧美沙代配音）家中等待转入新的学校。在此期间，他的旧病复发，入院治疗，某晚，恒一在空荡荡的走廊内邂逅一名穿着水手服、左眼戴着眼罩但阴气逼人的美少女，这似乎预示着一段不平凡生活的开始。病愈出院，恒一顺利转入夜见山北中学3年3班，同学们热情亲和，可是似乎对他隐藏着什么秘密，而且他也再次看见医院的那名眼罩女孩——同班同学见崎鸣（高森奈津美配音）。当他尝试接近见崎时，殊不知自己已经无意间掣动了死亡的闸门……本片根据名本格派推理小说家绫辻行人的原著及经清原纮漫画化的原著改编。

台湾黑道正道会的朱雀部队专司暗杀，玻璃心（GlassHeart/G•H）正是组织一手培养的顶尖杀手，作风纤细精密，其谨慎程度甚至被人讥为胆小，却能一枪准确命中任何猎物的心脏，射程达六百米以上。在暗杀五十人后，第五十名猎物的女儿无心的几句童语让G•H终于崩溃，无法再继续作为杀人机器的生活。于是她从高楼跃下，让尖锐的铁栏杆贯穿自己心脏。另一方面犽羽獠总算要和槙村香结婚了，婚礼前夜阿香却为了救小孩而车祸身亡，按照阿香生前填写的器官捐赠遗愿，阿香的心脏就被捐了出去。没想到在运送过程竟然被劫，阿香的心脏于是阴错阳差地移植入G•H的身体里。G•H的手术异常成功却迟迟没有醒来，她的意识在抗拒「醒来」这件事，此时她的内心却响起了阿香的声音——器官移植有时会带有人生前的记忆感情——在阿香的鼓励与安慰下G•H终于苏醒，杀了组织看守人后潜逃，凭着记忆从台湾来到日本新宿－犽羽獠和阿香生活的地方。阿獠自从阿香死后就无心再从事城市猎人（C•H）的工作，留言板也早就从车站撤掉，G•H来到新宿，被城市猎人的暗号XYZ意外勾起回忆，来到车站。却早就不见留言板，失意下走进了海怪（法尔肯）开的猫眼咖啡厅，眼睛看不见的海怪因为G•H行走敲门的方式而误以为她是阿香，于是告诉阿獠：「阿香回来了」——昏倒的G•H却住进了花园诊所。那医生也告诉阿獠G•H许多奇怪的地方－其实G•H就是正道会老大李坚强的女儿香莹，李坚强却一直不知女儿已被组织培育成杀手。在香莹还在休养时，正道会的青龙部队队长私自行动为了想解决香莹而来到新宿，阿獠在知道香莹的心脏就是阿香的心脏后决定保护她，一方面也为了自己的好友——李坚强和其弟李谦德。两方人马对战最终由直属正道会老大的玄武部队歼灭青龙，青龙队长也受到李坚强的处分。香莹在崩溃自杀前累积的罪恶感是从培训时期开始。当时只有代码27的香莹有一个搭档36号，却在最后训练中为生存亲手杀了他。就在此役，应死的36号——本名刘信宏——为了保护香莹不惜背叛青龙，更贴切的说本来信宏就打定为香莹死也在所不惜的主意……本来背叛组织要受到处分，李坚强在测试其对香莹的决心后决定放他一马，并任其离开组织——（虽然最后还是派了亲信陈先生在他身边监视）信宏就这样在猫眼咖啡厅待了下来，陈先生则在对面开了玄武中华料理餐厅。阿獠和阿香过去曾开玩笑说「拥有阿香捐赠心脏的人就是他们的孩子」，加上李坚强私下拜托，香莹成了阿獠的养女，时不时会显露出阿香母性的一面～回归正常人生活香莹和现实完全脱节，信宏对其苦恋甚笃。一番考验之后香莹成为了新的城市猎人，李坚强则委托陈老在新宿东站口重新树起了留言板。城市传说——XYZ再度出击……

戎崎裕一（铃村健一配音）是一位平凡的十七岁少年，在十七年的漫长人生中，并没有发生什么特别值得记录的事情，然而，就在这一年，裕一却因为感染了甲型肝炎而住进了医院。在医院中，裕一结识了外刚内柔的护士谷崎亚希子（小平有希配音）和医术高明认真负责的一生夏目吾郎（平田广明配音），除此之外，裕一还遇见了那个改变了他一生的少女。少女名叫秋庭里香（高桥美佳子配音），患有先天性心脏瓣膜不全症她是医院里的“常驻人口”。对于外面的陌生世界，里香充满了好奇，而裕一的到来无疑为她打开了一扇通往新世界的大门。尽管里香任性又傲娇，但裕一还是渐渐地喜欢上了这个天真单纯的少女，然而，在灰暗的过去和迷惘的未来之中，裕一能够坚持自己的选择呢？