故事发生在遥远的月球之上，彼时，那里已经变成了适宜人类居住的星球。某日，来月球旅行的遥大地（松冈洋子配音）邂逅了名为“兔人”的月球种族，他们告诉遥大地，他们位于月球内层的星球遭到了邪动族的侵略都和霸占，为此，他们踏上了寻找能够对抗邪动族的勇士的旅程。让兔人们没有想到的是，遥大地竟然就是他们要找的光明魔动战士，通过魔法阵，遥大地召唤出了地之魔动王。之后，召唤出风之魔动王的山本加斯（松田辰也配音），召唤出水之魔动王的玛利乌斯（安达忍配音）等人纷纷登场，一行人来到了圣地路那，准备在那里展开一段惊心动魄的奇幻旅程。

随着人类大规模的从事宇宙活动，在人工卫星上生活的调整者和在地球上生活的自然人之间的矛盾日益尖锐。在C.E70年2月14日，被后人称之为的“血色情人节”，由调整者殖民卫星组成的专门军事组织“Z.A.F.T.”，即扎夫特，和以大西洋联邦为首的地球联合军终于撕破脸，惨烈的宇宙战争自此爆发。调整者阿斯兰（石田彰配音）的母亲在“血色情人节”里不幸丧生，让其决定加入扎夫特，参与夺取由地球军秘密研制的新型高性能机动战士的计划。与扎夫特对立的地球军则积极反抗，阿斯兰的儿时好友，同样身为调整者的基拉（保志总一朗配音）偶然中被拉进地球军的阵营，抢夺还未被劫走的高达。在这一系列的行动中，基拉展现了强大的战斗力，也在对立的情况下，和阿斯兰重逢，爱恨纠缠战争与和平的故事就此拉开序幕……

机动战士高达SEED的系列作再开。这次除了我们大家熟悉的基拉（保志总一朗配音）、阿斯兰（石田彰配音）等人外，还有大量新角色的登场。而故事也将演变的更为复杂，冲突加剧，战争升级。C.E.70年2月，“血染情人节”事件的辐射效应还在地球联合军和ZAFT中延续着。二者发动了数次对抗，伤及众多无辜百姓。C.E.71年6月，地球联合军居然不顾条约发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。这让少年真飞鸟（铃村健一配音）在一瞬间失去了自己全部的亲人，而且都是在自己眼前。这件事对飞鸟的打击不小，让他这个无忧无虑的平凡少年，决定加入ZAFT。加入ZAFT，飞鸟遇到了许多挫折和坎坷，也看到了人性的残忍和无奈，最严峻的情况是自己内心始终笼罩着家人离去的阴影。飞鸟的成长在ZAFT正式开始。他和基拉、阿斯兰他们又会有怎样的交集呢？

以主人公安久为轴，描写战斗少女们的群像剧。故事讲述了掌握了高端情报技术“玛娜”的人类，借助它的力量克服了地球上的战争、饥饿、污染等问题，终于迎来了和平的理想乡。然而，作为皇国第一皇女的安久丽莎，却因无法使用这等魔法之力而沦为士兵，并被派遣到偏僻的岛屿上，同其他少女们操纵变形人型兵器“帕拉美露”，共同对抗入侵而至的巨大攻击型生物——龙。于是，少女的不屈物语就此开始了……

传说中的部队——创形者队拯救了EL潜行者的第2次志愿者联盟战已经过去两年。曾经的战场——高达模型联网对战（GBN）在经过版本升级后，加入了感觉反馈功能，代入感也得到进一步提升。不过也有很多潜行者并非出于跟风，而是怀揣各自想法进入这一世界。悠人是个扮演着佣兵，独自徘徊于次元世界空间的潜行者。风见孤傲轻佻，梦想受众人崇拜，穿梭在不同团队。芽依从早到晚进行高达模型对战，是个浑身散发神秘气息的独行侠。孤独的新人帕维兹对合作玩法深感兴趣，却因为内向至今未能得偿所愿。这些原本孤独的玩家，却因为某个契机，组成另一支「创形者」了。等待着悠人他们的，是超越GBN的无极限超体验。by:m.yakubd.cc

C.E.75，战斗还在持续着。来自独立运动“蓝色宇宙”的进攻……为将事态平息，以拉克丝为第一任总裁的世界和平监视组织·COMPASS成立，基拉等人作为其中的一员介入各地的战斗。就在这时，新兴国家“凡恩戴森”提出对“蓝色宇宙”根据地的联合作战。