故事发生在1962年，麦克法兰（维果·莫特森ViggoMortensen饰）和柯莱特（克尔斯滕·邓斯特KirstenDunst饰）是一对艺术家夫妇，两人前往风景如画的希腊游玩。在古希腊卫城，夫妇两人遇见了名为吕达尔（奥斯卡·伊萨克OscarIsaac饰）的陌生男子，他是当地的导游，靠着小偷小摸和骗吃骗喝过活。麦克法兰和柯莱特的与众不同吸引了吕达尔的注意，三人结伴共进了晚餐。之后，夫妻两邀请吕达尔前往他们所住的酒店参观。就在这时，麦克法兰提出了一个让吕达尔感到十分疑惑的要求——帮助他搬运一具尸体，然而，柯莱特用甜言蜜语打消了吕达尔的疑虑，并且提出三人一同前往土耳其游玩。

上一部结尾，尼奥（基奴李维斯饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。

1845年，尚年幼的维克多与詹姆斯兄弟俩在长辈之间一场突如其来争执中唤醒了自身的潜能，詹姆斯情急之下将陌生的生父杀死，自此兄弟两人流落战场，他们凭借不死不衰之身和野兽一般的天赋在各个时代的战争中大开杀戒，直到遇见史崔克少校并加入了他的异能人特殊部队。詹姆斯（休·杰克曼HughJackman饰）很快厌倦了对弱势者的杀戮，离开了团队和维克多（列维·施瑞博尔LievSchreiber饰），与女友凯拉隐居在山林中，做了一名伐木工人。六年后，詹姆斯惊闻昔日的超能力队友纷纷被杀害，而杀手正是哥哥维克多，不久连凯拉也遭其毒手，愤怒的詹姆斯与史崔克合作，将自己的身体改造，成为钢筋铁骨的“金刚狼”。金刚狼摆脱军方控制后，发誓要杀死维克多和史崔克为凯拉报仇……

疯狂的科学家弗兰肯斯坦（AdenYoung饰）用不同的尸体部分创造了科学怪人亚当（艾伦·艾克哈特AaronEckhart饰），可却失去了对方的信任。亚当在埋葬了弗兰肯斯坦后，遭到可怕的恶魔们的袭击。关键时刻，他被一群神秘战士救下，对方是鲜为人知的夜行神龙族，长久以来一直和可怕的炼狱恶魔作战。在女王莲诺尔（米兰达·奥图MirandaOtto饰）的请求下，曾经憎恨人类的亚当加入了剿灭恶魔的战团。此后两百多年，他在世界各地流浪，只为先下手为强，除掉恶魔的头目纳贝流士王子（比尔·奈伊BillNighy饰）。天使和恶魔的全面战争拉开序幕，亚当起着举足轻重的作用……