在未来世纪（FutureCentury，F.C.）由于地球严重被污染，人类移往宇宙殖民星，建立了新中国、新日本、新美国等殖民星国。各国在地球虽然还存有领土，但已受到严重的忽视。为了避免战争，各国决定以一场高达擂台赛(GundamFight，高达武斗)来决定各殖民星国对地球的统治权。比赛每四年一度，以地球为擂台，每个国家（殖民星）派出一位代表参赛，一对一以高达对战，直至只有一名胜利者。胜利者所属国家可擭得各殖民星国及地球管理权四年，直至另一个国家在下一次高达对决获胜。而活在地球上的居民，便要忍受在各国代表在对战时所造成的破坏。故事发生在未来世纪六十年开始，当时正开始第十三届高达擂台赛。故事的主角，来自新日本的codeerror!，为了追寻盗去以DG细胞三大理论，自我增殖、自我再生、自我进化设计出来的codeerror!(DevilGundam)的兄长，决定参加这一次的高达对决，故事就此展开。

锁锁美（阿澄佳奈配音）是一个标准的宅女，每天都窝在家里不肯出门的她懒得穿衣，懒得洗澡，甚至就连吃饭，也要靠自己那瞧不起的没用哥哥月读神臣（大冢芳忠配音）帮忙才能得以完成。对于妹妹颐指气使的使唤，神臣非但没有觉得恼怒，甚至十分享受，因为从本质上来说，他是个有着“被奴役”体质的超级妹控。最近，有件事情让锁锁美十分的不安，通过她亲自发明的“哥哥监视器”，她发现神臣的身边聚集了三个行为可疑的漂亮女孩子——外表萝莉实际上是个御姐的邪神剑（斋藤千和配音），长相和个性都异常普通，但随时随地都昏昏欲睡的邪神镜（花泽香菜配音）和外表看起来超成熟但实际上只有9岁的邪神玉（野中蓝配音）。为什么她们的出现会让锁锁美感到不安呢？在锁锁美一直监视着的哥哥身上究竟隐藏着怎样的秘密？一切都尚在迷雾之中。

东京、大阪、京都相继发生杀人事件，5名死者皆是被头戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬间杀害。警方介入调查，发现死者都是出没于3地专门偷窃有名的佛像及美术品的偷盗集团“源氏萤”成员。该集团共有成员8名，以义经的家臣名字互相称呼，且都持有一本《义经记》，被害5人手中的《义经记》均被拿走。这日京都古寺山能寺收到奇怪书信，说若能解开信中所附的画谜，便能找到8年前被窃的如来佛像。柯南、小兰随毛利小五郎来到该寺，均对画谜一筹莫展。5名被杀者之一曾对与新一不相上下的大阪高中生服部平次照料有加，服部也来到京都对案件秘密展开调查，并借机找寻自己的初恋情人。柯南与服部相遇联手调查时，发现有人想置服部于死地，紧接“源氏萤”另一成员被害，而这一切，似乎又都与画谜有关。

柯南、灰原及少年侦探队成员步美、光彦、元太随博士这日露营完毕，绕道参观西多摩市新建于富士山前的日本第一双塔摩天大楼，毛利小五郎恰也应双塔所有者、他的学妹常盘美绪之邀，携小兰、园子参加开幕典礼。美绪介绍下，他们认识以画富士山闻名的画师如月峰水、市议员大木岩松、双塔的设计者风间英彦（森谷帝二的弟子，第一弹《引爆摩天楼》中，森谷曾向新一挑战）、天才程序员原。期间灰原的举动异常。大木提前入住B塔被害，目暮警官着手调查发现他与美绪似有不同寻常关系，不久原亦被杀害于家中。因为现场都留有与日本画画师作画时所用的乳钵相似的小酒杯碎片，两起案件似系一人所为。柯南由小酒杯联想到灰原曾效力的、以酒名为绰号的黑暗组织，并注意到第二起案件中碎片上未沾染血迹。与此同时他找到灰原举动异常的原因，却发现她正被人追踪。而园子玩笑弄的发式令她像极了雪莉（灰原）。开幕酒会上，美绪向宾客展示如月最为宝贵的富士山画作时被杀，死相正如横亘在富士山正中的双塔的缩影图，她的身下也有一个小酒杯，不过却是完好的。地上一颗原本该呆在美绪脖子上的珍珠令柯南将目光转向如月。紧接，A楼美绪公司电脑档案所在的楼层及地下配电室发生爆炸。逃亡时刻，柯南注意到正有一支枪瞄准园子，心中给出了所有疑问的答案，但他及小兰等人最迫切需要解决的却是如何从火海逃脱。

又是一年暑假到来，胖虎（木村昴配音）和小夫（关智一配音）怂恿大雄（大原惠配音），让他拜托哆啦A梦（水田山葵配音）去寻找尚未被人类开发的秘境。在此期间，一条脏兮兮的小狗不请自来，它成功帮妈妈找到丢失的包，于是成了野比家的宠物，并得名扁扁。扁扁操纵卫星照相机拍到了神秘石像的照片，以此为契机，大雄、哆啦A梦、胖虎、小夫以及静香（嘉数由美配音）组成了一支少年非洲密境探险队。他们一路上历经千辛万苦，更险些丢掉性命。而当离巨神像越来越近时，小伙伴们出乎意料发现了扁扁以及一个神秘王国的秘密。原本快乐的探险变成一场凶险的战争，他们能否拯救那个国家吗？本片根据藤子•F•不二雄同名大长篇漫画改编。

在一个风雨交加的晚上，一伙神秘的人策马狂奔向下田村的方向，之后这个村子就爆发了一场瘟疫，所有的村民都死了。在望月番番主的首肯下，甲贺组众忍者前往该村调查，不料路上遇到一个刀枪不入的彪形大汉的袭击，只有忍女阳炎（筱原惠美配音）在一个男子的帮助下虎口逃生。帮助阳炎的这个人就是牙神兽兵卫（山寺宏一配音），不久之后他中了那个大汉的埋伏，两人一场血斗，最后兽兵卫险胜。这时一个自称是将军手下公义的小老头浊庵（青野武配音）出现在兽兵卫面前，原来被杀死的大汉是鬼门八人众之一，将军对头的手下，浊庵等公义一直在跟踪他们，但其他公义都被杀了，只有浊庵一直跟踪到这里。浊庵的连哄带骗加诡计，以一百两雇兽兵卫协助他掉查此事，而且据他说鬼门八人众的头是已经被兽兵卫亲手杀死的冰室弦马（乡里大辅配音），难道死人还能复活？在与鬼门八人众的交手中，阳炎再次出现并且救了兽兵卫，但她说这只是为了报恩。真的是这样吗……

小学生小晴与未婚妈妈维达两个人快乐地住在热带雨林里，过着简单而欢乐的生活。一天，酒醉夜归的维达带回来一个美丽的小女孩，她叫阿布。本以为将更加快乐的生活，却在第二天开始了翻天覆地的改变。小晴发现，昨晚的阿布完全是伪装出来的。实际上，阿布不仅脾气古怪，爱捉弄小晴，并且还有一个什么都能吞噬的胃。而小晴从未谋面的爸爸，似乎也要来到这个热带雨林。充满爆笑与不可思议事件人物的热带雨林，因为阿布的到来，而变得与众不同起来。

2071年的万圣节前夕，火星上的大城市突然发生了令人惊叹的犯罪。高速公路上一辆油罐车爆炸了。事故发生现场的人们因不明原因病倒，死伤人数超过400人。这样大规模的杀人事件，似乎是不明来源的生物武器所为。为此，火星政府发布了3亿圆的赏金悬赏恐怖分子。目击事件的faye单独行动妄图独占赏金，艾德使用黑客技术找到线索，与Bebop号上的大家一起行动。四人一狗组合再次出动，但他们不知道，这3亿元的代价，是对抗前所未有的强大犯罪者。

知名製藥公司-泰達羅斯（Daidalos）的總部發生了一場爆炸案，一個少年被困在崩落的鋼架中無法脫身，生命危在旦夕。此時，在以不追究無照醫療行為的條件下，黑傑克進行了一場任誰都無法想像的「外科手術」…同一災難引發了另一場悲劇：一位母親身受重傷而全身癱瘓，為了不拖累子女，她找來有「死神化身」之稱的奇利柯醫生以求安樂死。另一方面，他的孩子為了救母親，日以繼夜打工存錢，希望黑傑克為母親動手術。看著他們的身影，黑傑克不自覺想起自身的遭遇…兩位醫師，一位要致死，一位要救命，就在秘密之島「伊卡洛斯島」上，黑傑克與奇利柯將展開一場生死攸關的衝擊性對決。爆炸事件的內幕為何？系列史上的最大危機，正一步步向這位天才外科醫生逼近！