亨利·戈尔丁饰演一名因背负了复杂过去而隐忍的独行者，代号蛇眼。一次偶然，他救下了岚影一族的准接班人，从而被邀请加入他们在日本的组织。在那里，岚影一族不但教会了蛇眼如何成为一名忍者，也给了他一直想要的一个家。但当蛇眼过去的秘密被逐渐揭开，他的信誉以及对组织的忠诚也将受到考验，即便这会使他会失去最亲近的人的信任。特种部队原著中的经典角色也将在《特种部队：蛇眼起源》中一一亮相。

香港警察朱福龙（甄子丹饰）因一次工作失误惨被降级，万般无奈之际又遭未婚妻可儿（周励淇饰）悔婚，事业爱情的双重打击令他一蹶不振，暴饮暴食六个月后体重猛增到220磅！上司黄警官不忍其继续堕落，委派朱福龙前往日本押送一名犯人，并承诺只要完成任务就可以为他恢复职位。可惜来到日本，倒霉的事件便接连在他身上发生，不仅财物尽失，连犯人也在押送途中逃脱了。幸好得到前香港警察潇洒哥（王晶饰）的帮助才得以暂时解困，为了完成任务找回犯人，朱福龙与潇洒哥共同行动，不料在查找真相的过程中发现了日本黑帮的惊天阴谋......