第二季的故事将从上一季最后一集的情节拉开帷幕。警视厅搜查一科“特别犯罪对策室”被迫解散，室长大泽绘里子（天海佑希饰）引咎辞职，准备从成田机场出发回去美国，可是就在机场等待时她接到了野立信次郎（竹野内丰饰）的电话。警界高官黑原健蔵将成为反政府组织“黑月”的下一个狙击目标，而“黑月”重要成员高仓龙平在护送中逃脱。虽然绘里子和对策室各成员纷纷赶往现场，但黑原依然中弹，而犯人逃脱。身负重伤的黑原被迫辞职，为了承担责任，对策室再度解散，绘里子去了美国。两年后，当上参事官的野立以接手某个重要案件为契机，使得对策室再度复活。木元真实（户田惠梨香饰），片桐琢磨(玉山铁二饰)，花形一平(沟端淳平饰)，山村启辅(温水洋一饰)和岩井善治(小林友治饰)，这一班乌合之众是否还能再次聚首，为绘里子和对策室效力？而野立这一次是否依然可以说服绘里子担任室长一职？

金光闪耀的银座最近来了一个迷人的妈妈桑元子（米仓凉子饰），她的店面有着阔气的装修，前来消费的不是高官就是大款。而她每一次陪伴客人，都会从谈话间搜集与金钱有关的情报，并把一切记录在她的黑色皮革笔记本里。元子以前是银行职员，凭着工作便利搜集了多年来银行内部所有空帐假账的人物名单。在盗用银行一亿两千万日元被行长发现后，便拿出记录了名单的黑色皮革笔记本。元子的目标是要在银座开一家最大最阔气的店，为此不惜牺牲了道义、爱情等人生一切代表美好的字眼。她毫不犹豫地往目标走去。

未知

正准备获得帝都大学的物理学教授的汤川学（福山雅治饰）是一名不折不扣的物理学怪才，思维异于常人。这日，女警内海薰（柴崎幸饰）接手了一单离奇的人体自燃案件，毫无头绪却又急于破案的她在同事草薙俊平的介绍下，找到了汤川学。汤川学本来不想惹麻烦上身，后来经不起内海薰的纠缠，终于答应和她携手破案。在经过一系列取证后，汤川学运用他精深的物理学知识，终于揭破了罪犯的犯罪手法，帮助警方顺利破案。一日，内海薰又接到了一起离奇的谋杀案子。小男孩忠广自称灵魂出窍看到了疑犯的汽车，若忠广所言属实，则疑犯的嫌疑能得以洗脱，然而警方又怎能将灵魂出窍当成证供？难道忠广在说谎？内海薰自然又找到了她的“明灯”——汤川学。汤川学经过现场取证，证明了忠广的确看到了疑犯的汽车，由此为疑犯洗脱了嫌疑，同时戳穿了所谓的“灵魂出窍”，最后真相大白。凶险棘手的案件在不断发生，而汤川学也周旋在这离奇古怪的迷局里面，一次次展现了智慧的力量。