春天，贪玩的童僧拿着石头，绑在鱼、青蛙和蛇身上，捉弄着小生灵们。老僧（吴永洙饰）发现后，用同样的手法惩罚他，告诫他不可胡来。夏天，十七岁的少僧（徐在京饰）为久居深山的修行日子苦闷不已。有一天，一名患病少女（何丽珍饰）在母亲陪同下，来到寺庙拜佛求平安，并留下疗养。少年开始忍受不住异性相吸所带来的诱惑……秋天，青年（金永敏饰）在外面杀人后重返寺庙，请求谅解。老僧命其刻写心经，去掉罪孽，同时，追捕逃犯的警察也赶到寺庙……冬天，服完刑期的中年男子（金基德饰）回到山中寺庙，重新开始修行苦练。一名妇女突然探访寺庙，并留下了一个男婴，希望能被收留。之后，又一个春天到来。

整部电影没有台词，全部出场角色亦没有姓名。妻子（李恩宇饰）得知了丈夫（赵宰贤饰）出轨的事实，而儿子（徐英洙饰）则目睹了父亲和开杂货铺老板娘（李恩宇饰）在车内云雨的香艳场面。悲愤交加的妻子想要阉割熟睡中的丈夫未果，被愤怒冲昏了头脑的她将屠刀指向了儿子，惨叫声中，一个家庭彻底破碎了，丈夫将儿子送往了医院，妻子离家出走不知所踪。时光飞逝，拖着残缺的身体，儿子慢慢长大，他找到了父亲的情人，两人之间的关系紧张又带着一丝暧昧。一帮小混混闯进了杂货铺玷污了老板娘并逼迫儿子就范，事情败露后，儿子锒铛入狱。父亲发现用石头摩擦皮肤能够产生如同性交一般的快感，他将这一方法教给了狱中的儿子，在疼痛与欲望之间，儿子的性格渐渐产生了扭曲。

泰石（在熙饰）是个无所事事的年轻人，他每天骑着摩托车挨家发传单，将它塞入钥匙孔中。如果过几天传单还没有被人拿掉，泰石就会撬开锁进去小住一段时间，在那洗澡做饭拍照。作为交换，他会帮主人家做些家务、打理房间。一次，他在一所空房子里遇见了一个被丈夫施虐折磨过的女人善华（李丞涓饰）。她浑身青肿，眼神里流露着哀怨。逃走后的泰石惦记着善华，再返回她家时，恰好碰上善华的丈夫在虐待她，他当即出手，带走了她。后来，他们两个人恢复到以前的神秘生活，结伴一起寻找空房间，虽没有言语交流，却彼此默契。一次他们进入陌生人房间时，发现一具老人的尸体，他们为他办了一个认真的葬礼后就在这件屋子快乐的住下。直到一天老人的儿子找上门来，他们被当作杀人嫌疑犯带走。泰石锒铛入狱，善华被老公带走。但是故事并没有在这里结束。

《人，空间，时间和人》讲述了一艘老军舰上不同年龄和职业的人之间发生的故事，强奸，谋杀，兵变，金基德没有给予片中的人物丝毫的放松时间。电影中的所有人物既没有名字也没有背景，唯一重要的只有让人喘不过气来的“当下”。在一个戏剧性的人际关系的漩涡之中，一场关于食物和生存的斗争完全转向了荒诞。