堂本一辉是著名的钢琴演奏家，两年前突然宣布不再演奏钢琴转而攻向管风琴，更斥资建造了堂本音乐厅，准备在落成之日举行演奏会。然而在演奏会之前，堂本音乐学院的学生相继死去，先是爆炸案，后是单个被杀。园子带着柯南一行人来听排练，认识了女高音歌唱家秋庭怜子，拥有绝对音感的秋庭也开始遭遇到危险：润生茶被下药、作森林浴时遭遇空气枪袭击、试演会当天更遭击晕。然而就是从这些事件中，柯南找到了推理的逻辑：凶手试图把秋庭排除在凶杀外。这边已经正式开演的演奏会浑然不知音乐大厅外已是爆炸连天，小兰、灰原哀以及演奏厅内的一千多人顿时危在旦夕，绝对音感成为了唯一的救命线索。柯南找到了爆炸的逻辑，要在罪犯引爆最后一个炸弹前，把他找出来。

虽然安达桃（千叶纱子配音）的外表时尚个性奔放，但在内心里，她其实是一个对感情懵懂而转移的好女孩。在小桃的眼里，东寺森一矢（木内秀信配音）的身影挥之不去，但是，小桃必须好好隐藏对东寺森的感情，因为，小桃的好友柏木沙绘（那须惠配音）是个专门喜欢抢小桃心爱之物的乖僻女。终于，小桃对东寺森的感情还是暴露了，沙绘立刻就展开了她的破坏行动。在沙绘的干扰下，小桃和东寺森的感情结束了。正当伤心之时，好友冈安浬（铃村健一配音）的安慰和陪伴带给了小桃振作的力量，两人的关系也越走越近。这一切都逃不过沙绘的眼睛，新的破坏行动已在酝酿之中。