距离假面骑士圣刃的变身者神山飞羽真等一众剑士们拼命拯救世界已经过去8年的时光。飞羽真收养了因卷入大战而失去父母的少年小陆。他的好友间宫和编辑须藤芽依也一起帮忙照顾。飞羽真想弥补小陆失去的父爱，但是却无法治愈他的创伤，已经11岁的他仍然没有露出笑容。另一方面成为翻译家的富加宫贤人即将与立花结菜结婚，正过着充实的每一天。但是，就在此时，在剑士们的身边开始发生了奇怪的事情，圣剑的持有者接连消失。正在新堂伦太郎开始调查此事时，假面骑士霸剑惊异塞壬突然现身。解除变身后的篠崎真二郎自称是伦太郎的父亲，让伦太郎心烦意乱。此外，贤人碰上了霸剑，小陆放学未归，前往寻找小陆的飞羽真也遭到了霸剑的袭击。惊异塞壬奇幻驾驭书中隐藏着怎样可怕的力量？时光荏苒，等待飞羽真一行人的是最大最后的苦难！

故事从战兔在公路上骑着摩托车，接到美空和纱羽姐的电话开始。万丈去参拜香澄（女朋友）的墓，一海去参拜三羽鸦的墓，幻德则睡觉。三都的知事的演说开始了，战兔将一对姐弟从Smash那解救了出来。因为伊能贤吾的洗脑，民众们向战兔袭来。火星灭亡后，为了毁灭地球，Blood族在这10年里，一直作为影子暗中活动。Evolto因为没参与其中，导致三人被灭亡。战兔在逃跑的途中，突然出现了两只狗，看到狗实在太可爱了，战兔忍不住为其拍照。结果不巧被民众发现了，又跑了出去。足球场的应援席里，一海与幻德达成一致。但是这时北都知事---才贺涼香出现了，并变成剪刀Smash，与Rogue和Grease打了起来。听到是乡原光臣当初提出把香澄变成Smash的，万丈立刻变成Cross-zMagma，与变身成斑马Smash的光臣打了起来。但是这时，伊能贤吾现身，将万丈洗脑了。战兔为了调查【极计划】，这时伊能贤吾与被洗脑的万丈现身了，万丈变身成GreatCross-z向战兔袭来。战兔也变身为RabbitRabbit形态迎战。可是被斑马Smash和剪刀Smash抓住不能动弹，又受到GreatCross-z的【GreatDragonFinish】的重击，导致变身解除了。一海和幻德被才贺涼香抓住了，这时内海出现了说想要挤压腰带就下跪吧。只有幻德下跪了取回了腰带。变身解除的战兔被万丈夺走了危险扳机，交给了伊能贤吾。与剪刀Smash、斑马Smash和万丈三人一样，伊能贤吾使用【伟大穿越龙】、【眼镜蛇迷失满瓶】和【危险扳机】变身成了假面骑士Blood。就在Blood要给肉身的战兔致命一击的时候，Evolto为救战兔而赶来了。

故事发生在被天空之壁分为三区块的《幪面超人BUILD》的世界，竟然出现了《幪面超人EX-AID》世界的敌人怪人崩源体：为何不该出现在这的敌人会来到这世界？面对神秘敌人而毫无应对方法的战兔，一个身体半边被金属覆盖的神神秘男人出现在他眼前。自称科学家的男人启动了巨大的机器，上空竟出现了倒立的另一个世界。另一边，EX-AID的世界也发生同样的状况。有天空之壁的世界正逐渐的坠落到EX-AID的世界，距离两个世界冲突碰撞的时间还剩下24小时。世界末日的倒数开始…！面对前所未有的危机，能拯救人类的只有那群战士。凌驾前作的规模，前所未见的动作场面，不该有交集的英雄们终于相遇。谜团重重的故事即将解开——