大古是一个憧憬着电视节目《奥特曼》中的奥特曼形象，梦想是有朝一日能成为宇宙船船长的平凡少年。现在还在逐渐成长中，目前只是横浜市观光课的一名普通公务员。没错，本作的舞台是和之前的昭和·平成系列毫无联系，平行存在于现实世界中的横浜。幼年时憧憬着成为职业棒球选手的飞鸟，现在是横浜体育场的一名球童。阿良也作为飞鸟的同事而不断支持着他。把“开发出大古梦想所能够驾驶的飞船”作为理想目标的我梦，目前和敦子一同作为横浜MaliTime博物馆的实习生而奋斗着。就在同时，为追赶超越了时间和空间的格斯拉王，梦比优斯奥特曼出现在了横浜港。他是唯一一个知道降临在我们世界的这一切的引导性角色。「让７名勇者再次觉醒、并一同去打倒侵略者」出现在梦比优斯面前说着这么番话的穿着红鞋的少女究竟是？随着格斯拉王的出现、在山下码头也同样出现了庞敦王。那是曾一度打败赛文奥特曼的强敌。和在横浜体育场工作的飞鸟，在横浜MaliTime博物馆工作的我梦，以及大古这３人相聚在一起谈论年幼时的梦想和将来的打算，期待着未来和他们擦出的火花吧。早田、团、乡、北斗这４人也同样只是普通的人类。并且也分别和秋子、安奴、秋、夕子结了婚，拥有了各自幸福的家庭。《迪迦奥特曼》第２６话《彩虹的怪兽魔境》中登场的刚力怪兽希尔巴贡，第３６话《超越时空的微笑》中登场的超力怪兽哥尔德拉斯，都以希尔巴贡王和哥尔德拉斯王的身份复活了。两只都是与时间和空间有关的怪兽，出现在这个世界也合情合意。在与未来的谈话中，大古更加确信了自己的目标。但是当从未来口中得知「穿着红鞋的少女」时，大古曾一度淡忘的记忆再次苏醒。还是孩子的他，当时也曾见过穿着红鞋的少女。将怪兽召唤至这个世界的幕后元凶，地狱星人超级希伯利特星人出现了。当他把梦比优斯变成青铜像后准备大肆破坏之时，从未见过的奥特曼出现了，他的名字是「迪迦」！昭和宇宙人和平成奥特曼激突！

21世纪，地球回复昔日的和平，但此时宇宙坠下一颗陨石，陨石有一个人工的时空囊。地球和平联盟TPC的GUTS小队通过时空囊了解到地球将有大灾难发生。而此时，时空囊预言的两大怪兽·“哥路渣”和“米路巴”先后出现，GUTS小队便根据预言寻找收藏在金字塔的三大巨人的身体。几经寻找后GUTS队员们终于找到金字塔，但两大怪兽也到来了。虽GUTS拼死守护，但三个巨像已被破坏剩一个，队员·大伍的战机也被击中，且逃生装置失灵。在危急关头，大伍突然化成光，和最后一个的石像结合。光之巨人“迪加”因此而复活，并与两大怪兽展开了战斗……

超古代的地球曾经拥有相当高度的文明，但宇宙联盟奥可夫·马纳夫担心人类文明会破坏宇宙的和平，所以出动大军将人类文明彻底消灭。时至现代，地球上已经筑起了新的文明，但宇宙联盟的威胁亦再次出现。为了人类的未来，凭借超古代文明而觉醒的12位星神战士，将担负起保卫地球的重任。

在地球某个鲜为人知的角落，埋藏着一个古老文明的遗址——帕拉吉。帕拉吉如同至高无上的封印，截断了通往地狱的恐怖之路。而这一天，被蓬勃欲望所驱使的黑崎（マイケル富岡饰）解开了封印，将可怕的阎魔兽赛葛古带到了人间。正义使者艾克斯奥特曼挺身而出，谁知他竟被赛葛古的地狱之光所包围，最终消失。Xio的成员们追随考古学家玉城司（吉本多香美饰）的脚步，寻找可以将阎魔兽封印的钥匙。在此期间，司的儿子（高木星来饰）受母亲强烈的情怀所感染，焕发出神奇的力量。Xio战士们团结一心，配合艾克斯奥特曼和地狱怪兽军团展开决战……